測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時間依賴ROC曲線及KM plot可視化） -
寶藏R包：TCGA的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘一站搞定
最近在看ceRNA的時候看到了一個寶藏R包，寫包簡化了芯片數(shù)據(jù)下游分析之后，我正想著寫轉(zhuǎn)錄組下游分析的簡化版，就看到了它。用起來~ 0.R包和數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 這里使用的是作者給的示...
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TCGA文章復(fù)現(xiàn)——LncRNA-CRC預(yù)后Title:An Integrated Three-Long Non-coding RNA Signature Predicts Prognosis in Colorecta...
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ensembl_id轉(zhuǎn)換之兩種方法比較
一個基因在不同的數(shù)據(jù)庫有不同的名字：1.Entrez gene ID：我們一般說的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串?dāng)?shù)字表示的（在NCBI里面用）2.Ge...
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強強聯(lián)合的基因ID轉(zhuǎn)換劉小澤寫于2020.5.28Ensemble轉(zhuǎn)Symbol其實不是這么簡單，問題百出，需要留意 0 今天遇到一個需求，先來看看 有這樣的四個文件，每個文件中都有兩列Ensem...
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從biomaRt到clusterProfiler
1.安裝 R 版本為3.5以上的需要以下命令 如果提示缺哪個包，則用以下命令安裝： 2.生物學(xué)ID轉(zhuǎn)換 ——做KEGG和GO分析之前需要對非NCBI ID的轉(zhuǎn)換為NCBI I...
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篩個差異基因為什么就7分了？
今天跟大家分享的是2019年3月發(fā)表在J.Crohns.Colitis （IF：7.827）雜志上的一篇文章High-Throughput Identification of...
