嚴格意義上說遺傳進化中的群體結構應該包括PCA、群體進化樹和群體STRUCRURE，傳統(tǒng)的PCA和群體進化樹只能直觀的了解群體中個體的分類關系，但無法解釋群體間具體的分群數(shù)目...
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GWAS | 2.群體結構 structure -
組間差異檢驗，終于有人講清楚了!什么是組間差異檢驗？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗，應用統(tǒng)計學上的假設檢驗方法，檢驗組間是否有差異及其差異程度。坦率地講，所有的差異檢驗都基于一個假設：組間沒有差異，變量之...
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我在簡書的第4周年
今天登陸簡書的時候看到了一個提示，提醒我已經(jīng)加入簡書4周年了。 不知不覺已經(jīng)寫了將近50多萬的字（不計代碼），也沒有想到原來我加入簡書正好是五四。 正如當我的粉絲數(shù)達到400...
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測序數(shù)據(jù)基本信息統(tǒng)計 | reads,coverage,depth
00 寫在前面 測序后公司交付數(shù)據(jù)時，一般會提供質(zhì)控后的clean data和后續(xù)的基礎分析結果。因為可能需要自己來進行數(shù)據(jù)的預處理，記得一定要拿回raw data，同時弄清...
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fasta/fq文件處理萬能工具——Seqkit學習記錄
shenwei爪哥開發(fā)的處理Fasta/Fastq文件的萬能工具。之前處理fq/fa文件時花時間寫的一些腳本發(fā)現(xiàn)在seqkit里直接能一行命令就解決。實在是提升效率，整合流程...
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「生信練習題」從SnpEff注釋得到的VCF中過濾4DTV位點
在2019年的一篇NG文章"Resequencing of 414 cultivated and wild watermelon accessions identifies ...
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PBS 作業(yè)管理系統(tǒng)
在上一篇中我們非常簡單地介紹了在 C 語言中嵌入 mpi4py 程序的方法。 前面我們所給出的各個例程一般都是在單臺計算機上直接使用 mpiexec 或 mpirun 執(zhí)行的...
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Viroblast & Sequenceserver
利用云服務搭建blast服務 使用Apache2 rewrite 重定向主頁 sequenceserver 界面更為美觀的blast網(wǎng)頁應用 使用 apache2設置訪問密碼
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「摸魚快報003」哈佛生物信息學課程叫你乖乖呆家學習
https://github.com/harvardinformatics/learning-bioinformatics-at-home 哈佛大學的科學家們?yōu)榱俗屩T位乖乖呆...
