小編導讀 對于我們多數(shù)同學來說,ggplot2 絕對是數(shù)據(jù)可視化的神兵利器。然而,面對日益復雜的科研需求(例如多組學數(shù)據(jù)展示、系統(tǒng)發(fā)育樹結合、生存分析、空間轉錄組映射等),基...
發(fā)簡信
小編導讀 對于我們多數(shù)同學來說,ggplot2 絕對是數(shù)據(jù)可視化的神兵利器。然而,面對日益復雜的科研需求(例如多組學數(shù)據(jù)展示、系統(tǒng)發(fā)育樹結合、生存分析、空間轉錄組映射等),基...
隨著小麥基因組注釋版本的不斷更新,中國春(Chinese Spring)參考序列的基因編號也從舊版逐步遷移到新版。對于經(jīng)常處理轉錄組、比較基因組或重測序數(shù)據(jù)的生信研究者來說,...
1. 小編導讀 噬菌體是地球上數(shù)量最多、遺傳最多樣的生物實體,它們在微生物生態(tài)調控、宿主進化乃至人類醫(yī)療(如噬菌體療法)中都扮演著關鍵角色。對于研究人員而言,快速準確地判斷一...
小編導讀 從上圖的這篇嬰兒間的菌株傳播塑造了正在發(fā)育的腸道微生物群的文章中看到利用了這個去污染的方法,比較好奇,分享學習一下!雖然暫時還是預計印的狀態(tài),相信不久就會發(fā)表在給力...
在復雜人類組織中以單細胞分辨率分析蛋白質豐度和動態(tài)具有挑戰(zhàn)性。鑒于人類大腦皮層研究中轉錄本與蛋白質豐度的不一致,研究者開發(fā)了一種優(yōu)化工作流程,結合無標記單細胞質譜與精確樣本準...
小編導讀 在基因組學研究進入泛基因組時代的今天,數(shù)據(jù)存儲和處理效率成為制約大規(guī)模研究的關鍵瓶頸。想象一下,800萬條SARS-CoV-2基因組序列只需要366 MB的存儲空間...
【小編導讀】 隨著宏基因組學和病毒組學的快速發(fā)展,病毒基因組的數(shù)量呈指數(shù)級增長。如何對海量病毒基因組進行準確的分類學分類,成為病毒學研究的重要挑戰(zhàn)。今天小編為大家介紹一款發(fā)表...
小編導讀 隨著單細胞多組學技術的快速發(fā)展,構建全面的人類免疫細胞圖譜已成為理解免疫系統(tǒng)功能和疾病易感性的重要基礎。然而,現(xiàn)有的大型免疫細胞圖譜資源主要集中在歐洲人群,對亞洲人...
大家好!QIIME 2 2025年的第二個完整版本(2025.10)現(xiàn)已正式發(fā)布! 本次更新干貨滿滿,不僅引入了全新的可視化整合報告功能,還對底層的框架和安全性進行了重要升級...
可能我們在文章中也有看到這種類似的進化樹圖,精確度可能只到門級別,常用于展示不同門或類群間的系統(tǒng)發(fā)育關系及相對豐度,也好奇這種圖是怎么出的,今天就來簡單探索下如何批量畫出這種...
quickdraw是一種可擴展的方法,可以進行數(shù)量和二元性狀的全基因組關聯(lián)研究(GWAS)。研究人員將Quickdraws應用于405088個英國生物庫樣本的79個定量性狀和...
大家好,今天小編分享一個親測給力的生物信息學新工具——LexicMap。 ??LexicMap是一個核苷酸序列比對工具,專為高效查詢基因、質粒、病毒或長讀長序列設計,能夠應對高...
GPU工具分類 實話實說,暫時只有英偉達的GPU才能實現(xiàn)比較方便的基因組分析集成化解決方案,其他卡還需要努力呀,或者需要商業(yè)公司或學術團體的努力開發(fā)呀!FPGA等這種專用卡的...
分別是中國人群和東北亞人群的填充參考,測試了下,中國人群的參考注冊還是相對友好的,沒有像有些網(wǎng)站一樣嚴格限制。東北亞的沒有測試,兩個數(shù)據(jù)庫的特點都是包含了少數(shù)民族,研究朝鮮或...
最近學習祖源分析方面的內(nèi)容,發(fā)現(xiàn)已經(jīng)有了GPU版的軟件,可以幾十倍地加快運算速度,推薦使用!小數(shù)據(jù)集的話家用顯卡即可hold住,十分給力!ADMIXTURE 是常用的群體遺傳...
最近在qiime2論壇發(fā)現(xiàn)有人發(fā)布了qiime2宏基因組的教程,這里分享一下,只是alpha版本,不成熟,大家謹慎了解。qiime2的專用格式對于折騰宏基因組還是有點不妥的,...
feast團隊的小幅更新之作,比較可惜的是由于發(fā)表的雜志影響不大,迄今引用只有個位數(shù),相信這好酒香一定會飄出深巷子的。微生物源追蹤分析已成為一種廣泛的技術,用于表征復雜微生物...