小編導讀 對于我們多數(shù)同學來說，ggplot2 絕對是數(shù)據(jù)可視化的神兵利器。然而，面對日益復雜的科研需求（例如多組學數(shù)據(jù)展示、系統(tǒng)發(fā)育樹結合、生存分析、空間轉錄組映射等），基...
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ggplot2 擴展包精選集 - 生信實戰(zhàn)指南
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中國春基因ID版本遷移指南：從v1.1到v2.1的實用映射方案
隨著小麥基因組注釋版本的不斷更新，中國春（Chinese Spring）參考序列的基因編號也從舊版逐步遷移到新版。對于經(jīng)常處理轉錄組、比較基因組或重測序數(shù)據(jù)的生信研究者來說，...
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|BACPHLIP：一鍵區(qū)分溫和/烈性噬菌體1. 小編導讀 噬菌體是地球上數(shù)量最多、遺傳最多樣的生物實體，它們在微生物生態(tài)調控、宿主進化乃至人類醫(yī)療（如噬菌體療法）中都扮演著關鍵角色。對于研究人員而言，快速準確地判斷一...
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CroCoDeEL：無對照準確檢測宏基因組數(shù)據(jù)中交叉樣本污染小編導讀 從上圖的這篇嬰兒間的菌株傳播塑造了正在發(fā)育的腸道微生物群的文章中看到利用了這個去污染的方法，比較好奇，分享學習一下！雖然暫時還是預計印的狀態(tài)，相信不久就會發(fā)表在給力...
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發(fā)育中人類大腦的單細胞蛋白質組景觀在復雜人類組織中以單細胞分辨率分析蛋白質豐度和動態(tài)具有挑戰(zhàn)性。鑒于人類大腦皮層研究中轉錄本與蛋白質豐度的不一致，研究者開發(fā)了一種優(yōu)化工作流程，結合無標記單細胞質譜與精確樣本準...
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PanMAN: 壓縮式泛基因組學的突破性技術小編導讀 在基因組學研究進入泛基因組時代的今天,數(shù)據(jù)存儲和處理效率成為制約大規(guī)模研究的關鍵瓶頸。想象一下,800萬條SARS-CoV-2基因組序列只需要366 MB的存儲空間...
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vConTACT3：機器學習驅動的精準病毒分類工具【小編導讀】 隨著宏基因組學和病毒組學的快速發(fā)展，病毒基因組的數(shù)量呈指數(shù)級增長。如何對海量病毒基因組進行準確的分類學分類，成為病毒學研究的重要挑戰(zhàn)。今天小編為大家介紹一款發(fā)表...
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千萬免疫細胞繪制"中國地圖"：首個人群級免疫多組學圖譜出爐小編導讀 隨著單細胞多組學技術的快速發(fā)展，構建全面的人類免疫細胞圖譜已成為理解免疫系統(tǒng)功能和疾病易感性的重要基礎。然而，現(xiàn)有的大型免疫細胞圖譜資源主要集中在歐洲人群，對亞洲人...
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重磅發(fā)布 | QIIME 2 2025.10 正式上線！可視化神器更新，2026新版搶先看大家好！QIIME 2 2025年的第二個完整版本（2025.10）現(xiàn)已正式發(fā)布！ 本次更新干貨滿滿，不僅引入了全新的可視化整合報告功能，還對底層的框架和安全性進行了重要升級...
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只有菌名如何繪制進化樹？可能我們在文章中也有看到這種類似的進化樹圖，精確度可能只到門級別，常用于展示不同門或類群間的系統(tǒng)發(fā)育關系及相對豐度，也好奇這種圖是怎么出的，今天就來簡單探索下如何批量畫出這種...
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GPU加速GWAS分析--quickdrawquickdraw是一種可擴展的方法，可以進行數(shù)量和二元性狀的全基因組關聯(lián)研究（GWAS）。研究人員將Quickdraws應用于405088個英國生物庫樣本的79個定量性狀和...
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【生物信息新利器】LexicMap：百萬級原核基因組序列比對大家好，今天小編分享一個親測給力的生物信息學新工具——LexicMap。 ??LexicMap是一個核苷酸序列比對工具，專為高效查詢基因、質粒、病毒或長讀長序列設計，能夠應對高...
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GPU加速生物信息分析的嘗試GPU工具分類 實話實說，暫時只有英偉達的GPU才能實現(xiàn)比較方便的基因組分析集成化解決方案，其他卡還需要努力呀，或者需要商業(yè)公司或學術團體的努力開發(fā)呀！FPGA等這種專用卡的...
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兩個人群填充參考（CHN100K和NARD）分別是中國人群和東北亞人群的填充參考，測試了下，中國人群的參考注冊還是相對友好的，沒有像有些網(wǎng)站一樣嚴格限制。東北亞的沒有測試，兩個數(shù)據(jù)庫的特點都是包含了少數(shù)民族，研究朝鮮或...
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neural-admixture：基于AI的快速基因組聚類最近學習祖源分析方面的內(nèi)容，發(fā)現(xiàn)已經(jīng)有了GPU版的軟件，可以幾十倍地加快運算速度，推薦使用！小數(shù)據(jù)集的話家用顯卡即可hold住，十分給力！ADMIXTURE 是常用的群體遺傳...
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QIIME2宏基因組學教程--2024年春季萊頓和蘇黎世教程最近在qiime2論壇發(fā)現(xiàn)有人發(fā)布了qiime2宏基因組的教程，這里分享一下，只是alpha版本，不成熟，大家謹慎了解。qiime2的專用格式對于折騰宏基因組還是有點不妥的，...
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STENSL:使用公共數(shù)據(jù)進行微生物溯源與環(huán)境選擇feast團隊的小幅更新之作，比較可惜的是由于發(fā)表的雜志影響不大，迄今引用只有個位數(shù)，相信這好酒香一定會飄出深巷子的。微生物源追蹤分析已成為一種廣泛的技術，用于表征復雜微生物...