兜兜轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)，三年的折騰，終究是要畫上一個(gè)句話。兩地飛行，讓我硬生生成了“尊貴”的vip。一十四年，兩個(gè)七年。我們熬過了第一個(gè)，熬不過第二個(gè)。我本來就不是一個(gè)喜歡有變化的人。甚至...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：云南
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隨筆 | 時(shí)間到了，也是時(shí)候了。
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【比較基因組】共線性分析（WGDI）如果一個(gè)物種在進(jìn)化過程中發(fā)生了多倍體化，那么，在基因組上就會(huì)存在一些共線性區(qū)域（即兩個(gè)區(qū)域之間的基因是旁系同源基因，其基因的排布順序基本一致）。多倍化以及后續(xù)的基因丟失和二倍...
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ROGUE計(jì)算cell cluster的純度
前言 近期，張澤民教授團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一種在cell cluster里面計(jì)算純度的算法ROGUE，什么意思呢？經(jīng)過傳統(tǒng)的降維方式（t-SNE，UMAP）降維聚類后的cell clu...
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DESeq雙因素差異分析單因素差異分析 對(duì)于DESeq來說，常用的單因素的差異分析已經(jīng)比較多了， 一般來說，對(duì)于基因的表達(dá)矩陣，放在前面的為對(duì)照組，后面的為處理組，所以結(jié)果為后面的比較前面的并且對(duì)于...
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玉米轉(zhuǎn)錄組的KEGG和GO富集分析1.GO富集 使用orgDb 通過使用Bioconductor的AnnotationHub在線檢索并抓取OrgDb。非模式基因GO富集分析：以玉米為例+使用OrgDb[htt...
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好好學(xué)！這技術(shù)值一篇Plant physiology！今天看到Plant physiology在線發(fā)表了一篇文章。 In this study, we developed a software package, named Gr...
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等位基因特異性表達(dá)(ASE)及順反式調(diào)控研究的相關(guān)分析整理
在對(duì)動(dòng)植物雜交種（或F1子代）的基因組和轉(zhuǎn)錄組的關(guān)聯(lián)研究中，要回答這么一個(gè)問題：基因組變異到底與基因表達(dá)有什么關(guān)系？ 這個(gè)問題很難，因?yàn)樯婕坝绊懟虮磉_(dá)調(diào)控的因素可太多了！多...
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暫別簡(jiǎn)書，后會(huì)有期
我不是老師，也不是大神，更不是前輩。我只是個(gè)普通的科研工作者，一個(gè)只想努力變得更好的人。 來到簡(jiǎn)書快3年了，期間寫了不少的筆記。很多的筆記是在疫情嚴(yán)重時(shí)wfh的時(shí)候?qū)懙摹Ｖ两?..
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動(dòng)態(tài)交互！感興趣的基因標(biāo)記在 KEGG Pathway 通路圖上寫在前面 近期輔助課題組成員做一些上游數(shù)據(jù)分析，于是跑了前面搭建的流程并準(zhǔn)備了系列分析結(jié)果文件，大體如下： 在其中「差異表達(dá)分析」的文件夾中，有系列文件，包括 KEGG Pa...
