Signac是一個(gè)可以處理scATAC-seq、scCUT&Tag和scNTT-seq等檢測(cè)單細(xì)胞水平染色質(zhì)狀態(tài)的R包，其主要步驟包括： Create object QC N...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：河南
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Signac｜入門 -
R-Seurat VlnPlot 添加顯著性標(biāo)注新年好啊 :) 最近使用Seurat畫(huà)小提琴圖時(shí)想將組間的p值給標(biāo)上，發(fā)現(xiàn)Seurat的VlnPlot并沒(méi)有參數(shù)直接支持這個(gè)功能。本文就記錄一下解決的方案。 Data pre...
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CytoTRACE2-basicCytoTRACE2 CytoTRACE2是 Newman Lab[https://anlab.stanford.edu/] 開(kāi)發(fā)的用于預(yù)測(cè)scRNA-seq數(shù)據(jù)中細(xì)胞干性和...
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R-Seurat V5 to H5AD
最近想將單細(xì)胞數(shù)據(jù)從Seurat轉(zhuǎn)換到H5AD格式，但發(fā)現(xiàn)Seurat V5直接轉(zhuǎn)換會(huì)報(bào)錯(cuò)。這里記錄一下解決的方案。 直接轉(zhuǎn)換會(huì)報(bào)錯(cuò) Error in assay.group...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開(kāi)的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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enONE最近開(kāi)發(fā)了一個(gè)R包，enONE（https://github.com/thereallda/enONE[https://github.com/thereallda/enONE...
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Geneformer | 基因分類預(yù)測(cè)Gene Classification 上一篇文章寫(xiě)了用Geneformer如何做細(xì)胞分類[https://thereallda.github.io/2023/08/02/g...
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Geneformer | 細(xì)胞注釋Geneformer 是一個(gè)基于30M scRNA-seq data訓(xùn)練的Transformer模型，訓(xùn)練數(shù)據(jù)包括人類的多種組織器官。Geneformer可以用于細(xì)胞水平的分...
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scanpy | 基本單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析流程scanpy | Preprocessing and clustering 3k PBMCs 本文記錄使用scanpy處理3k PBMCs scRNA-seq數(shù)據(jù)的流程。 環(huán)...
