Signac是一個可以處理scATAC-seq、scCUT&Tag和scNTT-seq等檢測單細胞水平染色質(zhì)狀態(tài)的R包，其主要步驟包括： Create object QC N...
發(fā)簡信
IP屬地：內(nèi)蒙古
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Signac｜入門 -
R-Seurat VlnPlot 添加顯著性標注新年好啊 :) 最近使用Seurat畫小提琴圖時想將組間的p值給標上，發(fā)現(xiàn)Seurat的VlnPlot并沒有參數(shù)直接支持這個功能。本文就記錄一下解決的方案。 Data pre...
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CytoTRACE2-basicCytoTRACE2 CytoTRACE2是 Newman Lab[https://anlab.stanford.edu/] 開發(fā)的用于預(yù)測scRNA-seq數(shù)據(jù)中細胞干性和...
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R-Seurat V5 to H5AD
最近想將單細胞數(shù)據(jù)從Seurat轉(zhuǎn)換到H5AD格式，但發(fā)現(xiàn)Seurat V5直接轉(zhuǎn)換會報錯。這里記錄一下解決的方案。 直接轉(zhuǎn)換會報錯 Error in assay.group...
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單細胞分析之細胞交互-3：CellChat常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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enONE最近開發(fā)了一個R包，enONE（https://github.com/thereallda/enONE[https://github.com/thereallda/enONE...
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Geneformer | 基因分類預(yù)測Gene Classification 上一篇文章寫了用Geneformer如何做細胞分類[https://thereallda.github.io/2023/08/02/g...
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Geneformer | 細胞注釋Geneformer 是一個基于30M scRNA-seq data訓練的Transformer模型，訓練數(shù)據(jù)包括人類的多種組織器官。Geneformer可以用于細胞水平的分...
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scanpy | 基本單細胞數(shù)據(jù)分析流程scanpy | Preprocessing and clustering 3k PBMCs 本文記錄使用scanpy處理3k PBMCs scRNA-seq數(shù)據(jù)的流程。 環(huán)...
