軟件準備：GeneDoc下載地址http://www.jalview.org/getdown/release/[http://www.jalview.org/getdown/...
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利用GeneDoc美化同源比對結(jié)果 -
使用MAKER進行基因注釋(高級篇之GeneMark-ET模型訓練）GeneMarkGeorgia Institute of Technology開發(fā)的一系列基因預測工具。真核生物基因組預測主要會用到GeneMark-ES/ET, 其中Gen...
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使用MAKER進行基因注釋(高級篇之SNAP模型訓練）
訓練 ab initio 基因預測工具(以SNAP為例) 對于一個新的物種而言，你大概率是沒有一個高質(zhì)量的基因模型去進行基因預測。但是我們可以利用EST序列（少部分物種估計有...
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maker注釋篇二(ID轉(zhuǎn)換)
基于上一步我們獲得了初步的gff及rna和蛋白文件，maker生成的文件id是默認的，我們可以用maker自帶的腳本進行更改。 生成maker默認id和需要改的id的對應關(guān)系...
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2020-09-07 MAKER Turorial 2013
關(guān)于MAKER MAKER是一款易于使用的基因組注釋管道軟件，在小型或大型科研項目都適于使用。MAKER既可用于對于新研究生物基因組進行de novo注釋以為更新注釋提供證據(jù)...
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基因注釋：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline
我使用的maker版本為3.01.04 第一輪：將已知基因比對到基因組 包括兩個部分：??屏蔽重復序列??將已知的轉(zhuǎn)錄組/蛋白序列與基因組進行比對 1.（可選）構(gòu)建自定義重復序列...
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基因注釋：MAKER3安裝（非root）
在該頁面登記后會彈出下載鏈接：http://weatherby.genetics.utah.edu/cgi-bin/registration/maker_license.cg...
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我的生信自學心得分享
這是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 從2016年，我開始自學生物信息，那個時候，為了加深自己學習，所以就不間斷的在網(wǎng)上分享我的學習筆記。 我有一個自己的博客，xu...
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蛋白質(zhì)序列比對與蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預測#什么是蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)？ 按照結(jié)構(gòu)層次劃分，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)可以分為一級結(jié)構(gòu)、二級結(jié)構(gòu)、三級結(jié)構(gòu)、四級結(jié)構(gòu)： 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)（secondary structure of prot...
