把read比對(duì)到基因組之后，需要提取唯一比對(duì)來進(jìn)行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都沒有只輸出唯一比對(duì)的命令，所以需要對(duì)比對(duì)結(jié)果sam文件進(jìn)行提取，可以通過sam...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：寧夏
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HISAT2 Bowtie2 提取唯一比對(duì) unique mapping reads
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基于R的線性混合效應(yīng)模型分析以下只是我自己學(xué)習(xí)LMM所做的筆記，并不保證完全正確。 基于R的線性混合效應(yīng)模型(linear mixed effects models)分析 why 為什么要采用線性混合效...
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R包vegan的Mantel testsR包vegan的Mantel tests Mantel tests是確定兩組距離測(cè)度矩陣（而非兩組變量矩陣）之間相關(guān)性的相關(guān)性測(cè)試方法，用于判斷一個(gè)矩陣中的樣本距離與另一矩陣...
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GATK4 最佳實(shí)踐-生殖細(xì)胞突變的檢測(cè)與識(shí)別
歡迎關(guān)注"生信修煉手冊(cè)"！ GATK4 對(duì)于體細(xì)胞突變和生殖細(xì)胞突變的檢測(cè)分別給出了對(duì)應(yīng)的pipeline: Germline SNPs+Indels Somatic SNV...
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你知道如何比較兩個(gè)VCF文件嗎？
最近工作中遇到需要比對(duì)兩個(gè)不同的VCF文件，看看兩個(gè)VCF文件中哪些變異位點(diǎn)是相同的，哪些是不同的。為了尋找解決辦法，于是求救Google，發(fā)現(xiàn)了一篇非常不錯(cuò)的教程。于是今天...
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ggplot2 008 箱線圖及小提琴圖1.箱線圖 Box plots 1.1 語法 geom_boxplot( mapping = NULL, data = NULL, stat = "boxplot", pos...
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gatk4使用總結(jié)
昨天看了gatk的官網(wǎng)，從2018年發(fā)布正式版的4.0.0開始，到現(xiàn)在已經(jīng)更新到4.1.8，在速度和準(zhǔn)確度上都有了大幅的提升。gatk4除了整合picard軟件之外，在使用上...
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種康院士耐冷信號(hào)通路
Cold signaling in plants: Insights into mechanisms and regulation ##Xiao yu Guo ; Dongf...
個(gè)人介紹
三十學(xué)生信
24-30：主要研究方向：植物代謝組，植物次生代謝調(diào)控
30-至今：主要研究方向：植物轉(zhuǎn)錄組，生物信息
正統(tǒng)“植物人”
24-30：主要研究方向：植物代謝組，植物次生代謝調(diào)控
30-至今：主要研究方向：植物轉(zhuǎn)錄組，生物信息
正統(tǒng)“植物人”