本章我們開始學習概率圖模型，這里先做個簡單的開篇。 概率圖模型所涉及到的知識點非常廣，所以對讀者的基礎知識要求也相對較高。通過學習概率圖模型可以進一步鞏固機器學習的相關知識儲...
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SRA Toolkit安裝以及配置流程先反思之前的問題： 之前下載了SRA數(shù)據(jù)后，進行分割，運行如下命令 /home/whu/program_and_files/sratookit.2.10.0/bin/fast...
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[譯] 高斯混合模型 --- python教程本文翻譯自https://jakevdp.github.io/PythonDataScienceHandbook/05.12-gaussian-mixtures.html 上...
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使用Pysam操作BAM文件
Pysam操作BAM文件 Pysam包是一個處理基因組數(shù)據(jù)的python模塊，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能，...
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2020-11-06隨筆
從現(xiàn)在到年底，完成兩件事。 一是完成第一個創(chuàng)新點，并最近投出文章。 二是完成第二個創(chuàng)新點。 其實，文章早在7月份就寫好了，由于疫情會議延期。最近被打了回來，chair說有兩個...
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啦啦啦Leo ·請想要使用批量計算的讀者 查看DoAbsolute包，https://github.com/ShixiangWang/DoAbsolute，如果有相關文章發(fā)表，請引用或致謝，謝謝~
王詩翔 評論自解析ABSOLUTE軟件 -
解析ABSOLUTE軟件
簡介ABSOLUTE ABSOLUTE是Broad研究所開發(fā)的一款癌癥CNV分析軟件，實質(zhì)是一個R包，可以定量細胞的絕對拷貝數(shù)、腫瘤純度與倍性，如果提供突變數(shù)據(jù)，還能探究克隆...
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分析ABSOLUTE數(shù)據(jù)結(jié)果
在解析ABSOLUTE軟件一文中我簡單介紹了ABSOLUTE軟件，因為ABSOLUTE解的多樣性，這篇文章主要聚焦于ABSOLUTE結(jié)果的解讀，對象是結(jié)果圖。 主要的參考資料...
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01 集成學習 - 概述、Bagging - 隨機森林、袋外錯誤率這幾章我們聊聊集成學習，集成學習算法是目前為止我們在相同特征條件下做特征工程時，建立模型評分和效果最好的算法。比之前講過的線性回歸、Logist回歸、KNN、決策樹的評分效果...
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用python做生物信息數(shù)據(jù)分析（2-pysam）寫perl的思維，可能確實不能拿來學python。畢竟，python的褲子有很多。面向?qū)ο蟮恼Z言，如果不好好穿褲子，怎么找對象？。手上要做的事情，需要解析sam，更或者bam...
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不就畫個火山圖嗎？有那么難嗎？寫在前面 Emmm....課題組昨天開小組會了?；诓У慕ㄗh與提醒，我又開始跳下來看生物學問題。在當前課題的實驗設計里面，我們總共有70個樣品，于是我寫了一個循環(huán)做了每個樣...
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2019-07-20
我很傷心。 前些天，有朋友幫忙給學校的小貓找了領養(yǎng) 昨天把小貓交接到了新主人手上 昨天很開心，想著小貓終于有個歸宿了，以后口糧或者生病打針什么都不愁了 然而，今天貓貓主人去上...
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2019-07-12 暑假工作第一天
一周前，姥爺病逝，回家一周，昨天晚上回到西安。 09:00到教研室，一邊吃早飯一邊愣神。確實，過去一周就像做夢一樣。 記得回到家的那天下午，直接去了姥姥家。走到姥姥村口，眼淚...
