基因類型鑒定 基因組的組裝和注釋完成，得到配套的基因組和注釋文件之后，可以利用gffread軟件提取對應(yīng)的gene的cds，pep序列。應(yīng)運而生，下游的生信或者實驗想知道關(guān)注...
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「基因組」基因組分析之鑒定基因類型 -
如何用WGDI進行共線性分析(中)
Ks可視化 我們在上一篇如何用WGDI進行共線性分析(一)[http://xuzhougeng.top/archives/comparative-genome-analysi...
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WGD（全基因組復(fù)制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計算一、4Dtv（四倍簡并位點顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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有關(guān)富集分析各種表和圖怎么看的問題富集分析可以繪制很多不同的圖形和兩種結(jié)果表 一、兩種結(jié)果表 1、GO富集分析結(jié)果以及表頭各列的含義如下： 1）ONTOLOGY：表示GO分類的種類，通常有三個主要的類別： ①...
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比較基因組學分析3：特異節(jié)點基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）比較基因組學分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計算分化時間[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴張分析[ht...
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基因組去冗余（一）
去冗余 一般我們在組裝簡單的基因組的時候是不需要去冗余的，像龍眼、花椰菜、木瓜等都屬于簡單基因組，組裝出來就可以進行下一步了，但是有些基因組是有重復(fù)的，甚至是高重復(fù)的基因組，...
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教程 | 使用 CPGAVAS2 進行葉綠體基因組注釋寫在前面 前述，介紹了使用 GetOrganelle 軟件進行植物葉綠體基因組組裝。測試了下軟件，130個樣品，直接成環(huán)的有76個。手動調(diào)整了參數(shù)，除了 10 個左右的樣品外...
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利用Geneious對葉綠體基因組進行注釋及查看使用軟件：Geneious目的：對組裝好的葉綠體基因組進行注釋，注釋好后進行查看，無誤后繪制圈圖 【注釋部分】 1.首先從NCBI上下載一段與要注釋的物種（目標序列）同源的物...
