注意：版本不同，命令會不一致。一定要用對應(yīng)的版本。 需要登錄google賬戶 GATK3的下載地址[https://console.cloud.google.com/stor...
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BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)
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RNAseq分析如何選擇 參考基因組 和 gtf
轉(zhuǎn)自：https://mp.weixin.qq.com/s/Yt9HwCrvsz4gAkieTWYjRQ[https://mp.weixin.qq.com/s/Yt9HwCr...
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坑隊友系列：ftp協(xié)議下載ensembl參考基因組你問我為啥標題這么長，據(jù)說是關(guān)鍵詞給的多，容易被搜到。寫得不好，不用海涵，直接提出，謝謝您吶~ 1. 前言： 沒錯，作為一個自以為入門了的人其實還在門外。根據(jù)達克效應(yīng)圖解，充...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析前準備——參考基因組準備進行轉(zhuǎn)錄組分析前，需準備好參考基因組文件。醫(yī)學研究中應(yīng)用最多的就是人類、大鼠、小鼠。本文以這三種為主進行介紹。 參考基因組的下載可以進入ensembl數(shù)據(jù)庫進行 點擊畫紅框位...
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實戰(zhàn)之 mutect2檢測somatic變異流程1 用途 mutect2是GATK（The Genome Analysis Toolkit，是BroadInstitute開發(fā)的用于二代重測序數(shù)據(jù)分析的一款軟件，里面包含了很...
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GATK4流程學習之背景知識與前期準備GATK4流程學習之背景知識與前期準備 - 簡書[http://www.itdecent.cn/p/97e803755fa6]GATK4流程學習之DNA-Seq varia...
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全外顯子測序(wes)數(shù)據(jù)分析詳細流程(小樣本)
如果想看大樣本的數(shù)據(jù)處理分析流程請移步總目錄:三陰性乳腺癌全外顯子分析(wes)(大樣本727個) 分析流程目錄如下： 1 wes相關(guān)軟件下載與安裝并添加環(huán)境變量2 下載GA...
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單細胞實戰(zhàn)(2)：cellranger使用
將SRA轉(zhuǎn)為fastq 數(shù)據(jù)下載好之后，我們得到的是SRR文件，需要將其轉(zhuǎn)換為fastq格式才能使用 結(jié)束之后每個SRR文件會變成解壓出三個文件 為什么會有三個文件，這個需要...
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(免費教程+代碼)|跟著Cell學作圖系列合集(免費教程+代碼)|跟著Cell學作圖系列合集 “實踐是檢驗真理的唯一標準?！薄皬同F(xiàn)是學習生信的最好辦法?！?DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032[...
