先查看gtf注釋文件中的gene_biotype個(gè)數(shù) 用R提取 R包: refGenome下載地址: https://cran.r-project.org/src/contr...
先查看gtf注釋文件中的gene_biotype個(gè)數(shù) 用R提取 R包: refGenome下載地址: https://cran.r-project.org/src/contr...
R語言 Bioconductor包的安裝指南 (2012-09-15 19:11:55) http://r-china.org/forum.php?mod=viewthrea...
簡(jiǎn)介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor),這是一種新穎的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析方法。利用批量(bulk)表型從單細(xì)胞測(cè)序(scRNA-se...
大家好這里是有時(shí)候季更,有時(shí)候月更的基因組學(xué)研究生。上一期記錄了ATAC數(shù)據(jù)從Fastq數(shù)據(jù)到bam文件的處理腳本。 ATAC數(shù)據(jù)一鍵處理基因組學(xué)研究生,公眾號(hào):基因組學(xué)研究...
背景: 染色質(zhì)和染色體的結(jié)構(gòu)和功能 每一條染色單體由單個(gè)線性DNA分子組成。細(xì)胞核中的DNA是經(jīng)過高度有序的包裝,否則就是一團(tuán)亂麻,不利于DNA復(fù)制和表達(dá)調(diào)控。這種有序的狀態(tài)...
01 前言 在shell腳本中,我們經(jīng)常看到以下的一種結(jié)構(gòu): while read linedo…done < file 可能不熟悉shell的人看到這個(gè)會(huì)有點(diǎn)懵,其實(shí)這是s...
這是目前為止我看到過的關(guān)于ATAC-seq的最新綜述,感興趣的話值得一讀。2020.4.22更新:我看到一個(gè)公眾號(hào)也翻譯了這篇文章,而且正好跟我這篇翻譯是在同一天發(fā)表http...
tags: NGS duplication 不管從哪個(gè)角度看我們都希望測(cè)序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)中 duplicate 率盡量低。怎樣降低 duplicate 率? 構(gòu)建文庫時(shí),核酸提...