先查看gtf注釋文件中的gene_biotype個(gè)數(shù) 用R提取 R包： refGenome下載地址： https://cran.r-project.org/src/contr...
IP屬地：甘肅
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從gtf文件提取lncRNA
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R語言 Bioconductor包的安裝指南
R語言 Bioconductor包的安裝指南 (2012-09-15 19:11:55) http://r-china.org/forum.php?mod=viewthrea...
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R Package Scissor 學(xué)習(xí)筆記簡(jiǎn)介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)，這是一種新穎的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析方法。利用批量（bulk）表型從單細(xì)胞測(cè)序(scRNA-se...
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ATAC-seq數(shù)據(jù)可視化——超簡(jiǎn)單教程
大家好這里是有時(shí)候季更，有時(shí)候月更的基因組學(xué)研究生。上一期記錄了ATAC數(shù)據(jù)從Fastq數(shù)據(jù)到bam文件的處理腳本。 ATAC數(shù)據(jù)一鍵處理基因組學(xué)研究生，公眾號(hào)：基因組學(xué)研究...
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ATAC-Seq 數(shù)據(jù)分析（上）背景： 染色質(zhì)和染色體的結(jié)構(gòu)和功能 每一條染色單體由單個(gè)線性DNA分子組成。細(xì)胞核中的DNA是經(jīng)過高度有序的包裝，否則就是一團(tuán)亂麻，不利于DNA復(fù)制和表達(dá)調(diào)控。這種有序的狀態(tài)...
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Linux篇：shell中while read line的用法及實(shí)戰(zhàn)
01 前言 在shell腳本中，我們經(jīng)常看到以下的一種結(jié)構(gòu)： while read linedo…done < file 可能不熟悉shell的人看到這個(gè)會(huì)有點(diǎn)懵，其實(shí)這是s...
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ATAC-seq生信分析綜述翻譯(Genome Biology)這是目前為止我看到過的關(guān)于ATAC-seq的最新綜述，感興趣的話值得一讀。2020.4.22更新：我看到一個(gè)公眾號(hào)也翻譯了這篇文章，而且正好跟我這篇翻譯是在同一天發(fā)表http...
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用泊松分布解釋 NGS 測(cè)序數(shù)據(jù)的 duplication 問題
tags： NGS duplication 不管從哪個(gè)角度看我們都希望測(cè)序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)中 duplicate 率盡量低。怎樣降低 duplicate 率？ 構(gòu)建文庫時(shí)，核酸提...
