每次上網(wǎng)搜集資料最頭疼的發(fā)現(xiàn)資料好零散,要么沒有找到答案,要么有些問題別人問了但是沒人解答。為了方便大家更好的用pro軟件學(xué)習(xí)插畫或者用插畫畫出自己的所想所感,特意整理了新手...
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Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system 這篇文章真的看了好久,就算一開始秉承著不求甚解的精神都看不下去,有太多的專業(yè)背...
現(xiàn)在的技術(shù)真的是越來厲害了,而且相比于以往復(fù)雜的操作 現(xiàn)在的黑科技仿佛特別“親民” 比如 我之前發(fā)過在“baidu”后面加“wp” 就能高速下載百度云資源 而且自己不需要登陸...
Biomarker有助于疾病診斷、判斷疾病分期或者用來評價新藥或新療法在目標(biāo)人群中的安全性及有效性。此前小編給大家解讀了一篇針對過敏性哮喘疾病,利用WGCNA,鑒定關(guān)鍵模塊和...
本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程,參考了最新的文檔。第一全的還在路上,會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實戰(zhàn)班上,歡迎點擊鏈接了解更多。 WGC...
看這個之前,可以先看WGCNA的一些理論背景知識[http://www.itdecent.cn/p/e102681ec979]看完整個之后可以去看WGCNA關(guān)鍵模塊和hub...
WGCNA debug 運行到這里報錯:Error in (new("standardGeneric", .Data = function (x, y = NULL, use...
已解決,這里面涉及超多問題,發(fā)現(xiàn)很多人都遇到這個,是WGCNA包與其他函數(shù)沖突導(dǎo)致的;輸入
cor <- WGCNA::cor
暫時分配功能
再運行
blockwiseModules
后面再調(diào)回來
cor<-stats::cor
STEP6:WGCNA相關(guān)性分析因為樣本數(shù)量比較可觀,所以可以進(jìn)行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來做WGCNA分析,挑選的標(biāo)準(zhǔn)可以是top變異程度大的基因集合,或者顯著差異表達(dá)的基因集合等等。...
net = blockwiseModules(datExpr, power = sft$powerEstimate,
maxBlockSize = 6000,TOMType = "unsigned",
minModuleSize = 30,reassignThreshold = 0, mergeCutHeight = 0.25,
numericLabels = TRUE, pamRespectsDendro = FALSE,
saveTOMs = TRUE,
saveTOMFileBase = "AS-green-FPKM-TOM",
verbose = 3)
運行到這里報錯:
Error in (new("standardGeneric", .Data = function (x, y = NULL, use = "everything", :
unused arguments (weights.x = NULL, weights.y = NULL, cosine = FALSE)
請問有遇到這種情況嗎,不知啥意思
STEP6:WGCNA相關(guān)性分析因為樣本數(shù)量比較可觀,所以可以進(jìn)行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來做WGCNA分析,挑選的標(biāo)準(zhǔn)可以是top變異程度大的基因集合,或者顯著差異表達(dá)的基因集合等等。...
因為樣本數(shù)量比較可觀,所以可以進(jìn)行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來做WGCNA分析,挑選的標(biāo)準(zhǔn)可以是top變異程度大的基因集合,或者顯著差異表達(dá)的基因集合等等。...