15.1 前言 除了基因表達(dá)模式的變化之外，細(xì)胞組成（例如細(xì)胞類型的比例）也會(huì)在不同條件下發(fā)生變化。例如，特定藥物可以誘導(dǎo)細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)分化，這將反映在細(xì)胞身份組合物中。需要足...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：重慶
-
單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第十五篇：細(xì)胞組成分析 -
單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第十四篇：差異基因表達(dá)分析14.1 前言 本篇是細(xì)胞注釋章節(jié)的更詳細(xì)的延續(xù)，該章節(jié)已經(jīng)介紹了差異基因表達(dá)（DGE）作為用細(xì)胞類型注釋簇的工具。在這里，我們重點(diǎn)關(guān)注更復(fù)雜的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中差異基因表達(dá)測(cè)試的更...
-
R語(yǔ)言繪圖包13--共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的繪制：igraphR語(yǔ)言繪圖包系列： R語(yǔ)言繪圖包01--優(yōu)秀的拼圖包patchwork[http://www.itdecent.cn/p/e57555d48c91] R語(yǔ)言繪圖包02--熱...
-
simspec：基于細(xì)胞簇譜系相似性整合單細(xì)胞數(shù)據(jù)簡(jiǎn)介 在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，如何對(duì)跨不同實(shí)驗(yàn)、條件、批次、時(shí)間點(diǎn)或其他技術(shù)因素的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行多樣本整合仍然是一個(gè)重大的挑戰(zhàn)。需要新的計(jì)算方法來(lái)整合多個(gè)樣本矯正批次效應(yīng)，同...
-
plot1cell：優(yōu)雅的可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)簡(jiǎn)介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級(jí)功能，可以基于Seurat分析結(jié)果對(duì)象直接進(jìn)行可視化繪圖，主要依賴于Seurat V4，circlize，Compl...
-
【函數(shù)整理版】從Scanpy的Anndata對(duì)象提取信息并轉(zhuǎn)成Seurat對(duì)象2022-06-15
適用背景 昨天寫的文章[http://www.itdecent.cn/p/8a81071571d9]介紹了Anndata對(duì)象轉(zhuǎn)成Seurat對(duì)象的流程，但是比較稀碎，所以這...
-
學(xué)習(xí)寫python包——data_models.py
scDataset 類 這段代碼定義了 scDataset 類，它是一個(gè)用于表示單細(xì)胞數(shù)據(jù)集的 Python 類。這個(gè)類繼承自 torch.utils.data.Datase...
-
從Scanpy的Anndata對(duì)象提取信息并轉(zhuǎn)成Seurat對(duì)象（適用于空間組且涉及h5文件讀寫）2022-06-14
關(guān)鍵字 Anndata對(duì)象轉(zhuǎn)成Seurat對(duì)象 h5文件讀寫 空間組格式轉(zhuǎn)換 已補(bǔ)充快速使用的函數(shù)整理版本[http://www.itdecent.cn/p/48a6886...
-
encode eclip 數(shù)據(jù)分析流程
# 準(zhǔn)備： 測(cè)序數(shù)據(jù)：fastq格式；RBFOX2 HepG2測(cè)序數(shù)據(jù) - RBFOX2[https://s3-us-west-1.amazonaws.com/externa...
