3.1 DNASeq 數(shù)據(jù)分析SNP/Indel 策略 策略一： BWA + Samtools /Picard + GATK 1) BWA 比對(duì)及 Samtools 轉(zhuǎn)化為 ...
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一步一步學(xué)會(huì)撰寫SNP Calling 流程（二） -
一個(gè)神奇的小軟件bioawk劉小澤寫于18.7.29 寫在前面：之前介紹過文本處理的三劍客，grep、sed、awk，也曾說過，學(xué)了awk，讓一切字符秒變尷尬“awk word”。其中的awk可以說是獨(dú)...
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libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory
??在解決這個(gè)報(bào)錯(cuò)的過程中，我學(xué)到了Linux下解決問題的一種新思路。這個(gè)報(bào)錯(cuò)很早之前就遇到過，當(dāng)時(shí)是用自己安裝的miniconda來下載安裝samtools（非root用戶...
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R3. 提取韋恩圖（Venn Diagram）中交集或并集的信息當(dāng)有多個(gè)分類，分類之間有相同又有差異的時(shí)候，常用的可視化方法是做韋恩圖。有時(shí)我們想知道某個(gè)交集或其他部分比如獨(dú)有的信息時(shí)，需要提取出來，前提是韋恩圖的每個(gè)組分是知道的，也就是...
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生信數(shù)據(jù)預(yù)處理的Linux三大神器
grep:最快的文本搜索工具 grep就是在文本提取和匹配上最快的工具，因?yàn)樗挥幸粋€(gè)目標(biāo)，在每一行找匹配的內(nèi)容，并且在這個(gè)任務(wù)上沒有其他程序比他是做的更好。 繼續(xù)以擬南芥基...
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【R數(shù)據(jù)科學(xué)讀書筆記】R語言的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)原來可以這樣理解
R語言的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)原來可以這樣理解 這是R數(shù)據(jù)科學(xué)的讀書筆記之一，《R數(shù)據(jù)科學(xué)》是一本教你如何用R語言進(jìn)行數(shù)據(jù)分析的書。即便我使用R語言快2年多了，但是讀這本書還是受益頗多。 ...
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【原創(chuàng)】我初來上海，如何從月薪2000到月入過萬的？1. “你必須非常努力，才能看起來毫不費(fèi)力。”我看很多人把這句話當(dāng)成座右銘，不知是否理解了其中的深意。 我剛來上海時(shí)，本想跟著好友Tommy工作，但無奈我能力達(dá)不到要求。To...
