文章目錄 一、分子指紋計(jì)算二、相似性搜索三、自定義搜索函數(shù) 一、分子指紋計(jì)算 本文介紹在windows環(huán)境下，使用rdkit函數(shù)在postgresql數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相似性搜索。...
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RDKit|在PostgreSQL中進(jìn)行分子相似性搜索
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RDKit|在PostgreSQL中進(jìn)行分子結(jié)構(gòu)搜索與查詢
文章目錄一、環(huán)境搭建二、數(shù)據(jù)表準(zhǔn)備三、結(jié)構(gòu)搜索與查詢 1.smiles子結(jié)構(gòu)搜索 2.smarts子結(jié)構(gòu)搜索 3.立體信息的結(jié)構(gòu)搜索 4.帶取代基的結(jié)構(gòu)搜索 一、環(huán)境搭建 本...
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RDKit|支持RDKit的PostgreSQL環(huán)境搭建與基本操作
一、環(huán)境配置1.windows下的安裝與初始化2.用戶設(shè)置與服務(wù)啟動(dòng) 二、操作使用1.cmd操作2.python操作 一、環(huán)境配置 PostgreSQL是一個(gè)開源、可擴(kuò)展的關(guān)...
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RDKit|分子修改與編輯
文章目錄 一、初級(jí)篇 氫原子顯示與隱藏 芳香鍵與kekule式轉(zhuǎn)換 二、高級(jí)篇 Atom和Bond對(duì)象的編輯功能 RWMol類的編輯功能 一、初級(jí)篇 1.氫原子顯示與隱藏 正...
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RDKit|分子基礎(chǔ)操作與藥效團(tuán)查找分子基礎(chǔ)操作與藥效團(tuán)查找 文章目錄 1.原子操作 2.鍵操作 3.環(huán)操作 4.手動(dòng)實(shí)現(xiàn)氧族藥效團(tuán)查找 1.原子操作 在rdkit中，分子中的每一個(gè)原子都是對(duì)象，可以通過(guò)原子對(duì)...
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RDKit|通過(guò)Recap和BRICS對(duì)分子拆解與合成
文章目錄 1.Recap拆解 2.BRICS拆解 3.BRICS合成 Recap和BRICS對(duì)分子拆解與合成 1.Recap拆解 另一個(gè)與化學(xué)反應(yīng)相關(guān)的功能是Recap，Re...
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RDKit|在化學(xué)反應(yīng)中對(duì)原子進(jìn)行保護(hù)
文章目錄 1.rxn文件創(chuàng)建反應(yīng) 2.保護(hù)目標(biāo)原子 在化學(xué)反應(yīng)中保護(hù)原子 本文是化學(xué)反應(yīng)的進(jìn)階操作，關(guān)于使用rdkit進(jìn)行化學(xué)反應(yīng)的操作可以參考這篇文章。有時(shí)在使用rxn文件...
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RDKit|化學(xué)反應(yīng)操作與處理
化學(xué)反應(yīng)1.SMARTS創(chuàng)建反應(yīng)2.rxn文件創(chuàng)建反應(yīng)3.產(chǎn)物后處理 化學(xué)反應(yīng) Rdkit中提供了基于SMARTS的化學(xué)反應(yīng)操作，可以通過(guò)SMARTS或rxn反應(yīng)文件構(gòu)建反應(yīng)...
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RDKit|骨架分解與側(cè)鏈分離
一、骨架分解1.Murcko Scaffold2.Generic Framework 二、側(cè)鏈分離1.rdRGroupDecomposition2.ReplaceCore 一...
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RDKit|分子片段、片段指紋與指紋重要性分析
一、分子片段生成 二、片段指紋生成 三、指紋重要性分析 一、分子片段生成 分子片段（Molecular Fragments）是一組相連的原子，并可能包含有相關(guān)官能團(tuán)。在rdk...
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RDKit|化學(xué)特征、藥效團(tuán)提取與2D藥效團(tuán)指紋計(jì)算一、化學(xué)特征和藥效團(tuán)提取 二、化學(xué)特征文件介紹1.化學(xué)特征（chemical features）2.FDef文件語(yǔ)法 三、2D藥效團(tuán)指紋1.編碼原理2.參數(shù)設(shè)置3.生成2D藥...
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RDKit|分子描述符計(jì)算與可視化一、描述符計(jì)算模塊1.rdkit.Chem.Lipinski模塊2.rdkit.Chem.Descriptors模塊3.rdkit.ML.Descriptors.Molecu...
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RDKit|分子指紋提取、相似性比較及應(yīng)用一、分子指紋提取1.Topological Fingerprints2.MACCS3.Atom Pairs and Topological Torsions4.Morgan ...
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RDKit|最大公共子結(jié)構(gòu)搜索與參數(shù)介紹
最大公共子結(jié)構(gòu) 1.搜索方法 2.bondCompare參數(shù) 3.atomCompare參數(shù) 4.maximizeBonds參數(shù) 5.matchValences參數(shù) 6.ri...
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RDKit|摩根分子指紋計(jì)算、提取與可視化
目錄 一、摩根分子指紋計(jì)算1.簡(jiǎn)介2.SparseIntVects3.ExplicitBitVects44.FCFPs5.更多泛化 二、摩根分子指紋提取1.提取方法一2.提取...
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RDKit|分子子結(jié)構(gòu)的刪除、替換與切割分子子結(jié)構(gòu)操作1.刪除子結(jié)構(gòu)2.替換子結(jié)構(gòu)3.切掉側(cè)鏈4.切掉母核 分子子結(jié)構(gòu)操作 RDKit包含了一些修改分子的函數(shù)，這些函數(shù)可以方便地對(duì)分子進(jìn)行子結(jié)構(gòu)刪除/替換等操作。更...
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化學(xué)信息學(xué)|SMARTS規(guī)則速查表
一、SMARTS簡(jiǎn)介 是什么SMARTS（SMiles ARbitrary Target Specification）是一種用于描述分子模式和屬性的語(yǔ)言。SMILES所有的符...
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RDKit|搜索子結(jié)構(gòu)時(shí)對(duì)側(cè)鏈進(jìn)行條件限制
目錄 一、簡(jiǎn)單子結(jié)構(gòu)搜索1.初始化2.獲取所有匹配的結(jié)構(gòu)3.查看匹配的結(jié)構(gòu) 二、帶條件的子結(jié)構(gòu)搜索1.定義條件2.對(duì)側(cè)鏈設(shè)置條件3.使用條件進(jìn)行篩選4.其他條件舉例 一、簡(jiǎn)單...
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RDKit|搜索并高亮展示分子中匹配的子結(jié)構(gòu)目錄 一、單個(gè)子結(jié)構(gòu)搜索與展示1.判斷是否包含子結(jié)構(gòu)2.搜索并返回子結(jié)構(gòu)3.獲取匹配的原子和索引4.繪制子結(jié)構(gòu) 二、多個(gè)子結(jié)構(gòu)搜索與展示1.搜索并返回所有子結(jié)構(gòu)2.獲取匹配的...
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RDKit化學(xué)信息學(xué)與機(jī)器學(xué)習(xí)
