理解ChIP-Seq 到了目前這個水平,我學習新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時已經(jīng)不再考慮代碼應該如何寫的問題了。我更多要去考慮一個技術(shù)的目的和意義。 轉(zhuǎn)錄組主要研究的問題是基因在不...
理解ChIP-Seq 到了目前這個水平,我學習新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時已經(jīng)不再考慮代碼應該如何寫的問題了。我更多要去考慮一個技術(shù)的目的和意義。 轉(zhuǎn)錄組主要研究的問題是基因在不...
有很多的生信軟件都可以通過conda安裝,省去了很多的安裝、修bug的煩惱。經(jīng)常是安裝到崩潰的軟件,conda一行命令就搞定了。前兩天有個胖友問我gatk 3.8的版本在哪里...
熊金波實驗室出品 整理歸納:Larry 本次學習使用的服務器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下: 地址:gs0.genek.tv 用戶名:u3276 密碼:genek.tv(建議...
最近工作中遇到需要比對兩個不同的VCF文件,看看兩個VCF文件中哪些變異位點是相同的,哪些是不同的。為了尋找解決辦法,于是求救Google,發(fā)現(xiàn)了一篇非常不錯的教程。于是今天...
2018-11-7 基因結(jié)構(gòu)圖繪制之gggenes 最重要的包參考鏈接補上 https://github.com/wilkox/gggenes 安裝包 注意這里繪圖需要將Rs...
關(guān)于基因組組裝的流程可以參考我的簡書:http://www.itdecent.cn/p/e02ecd537c83 前面介紹了SOAPdenovo2的使用,但是由于結(jié)果整體不...
用FastQC或Trimmomatic去接頭,低質(zhì)量堿基 Fastqc 1、可直接對.fq.gz壓縮文件操作2、結(jié)果默認路徑生成在同文件的目錄下,生成的文件夾為XX_fast...
FastQC是一款基于Java的軟件,它可以快速地對測序數(shù)據(jù)進行質(zhì)量評估,得到多個測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量參數(shù),讓我們對測序數(shù)據(jù)質(zhì)量有個初步的認識,從而判斷后續(xù)的質(zhì)控如何進行。 Fas...
測序得到的raw reads一般多少會有些質(zhì)量低或者帶有adapters的序列,而Trimmomatic是一個很好的用來處理Illumina公司raw reads的軟件。 1...