理解ChIP-Seq 到了目前這個水平，我學習新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時已經(jīng)不再考慮代碼應該如何寫的問題了。我更多要去考慮一個技術(shù)的目的和意義。 轉(zhuǎn)錄組主要研究的問題是基因在不...
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ChIP-seq基礎入門 -
conda的安裝與使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信軟件都可以通過conda安裝，省去了很多的安裝、修bug的煩惱。經(jīng)常是安裝到崩潰的軟件，conda一行命令就搞定了。前兩天有個胖友問我gatk 3.8的版本在哪里...
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宏基因組數(shù)據(jù)分析流程代碼熊金波實驗室出品 整理歸納：Larry 本次學習使用的服務器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276 密碼：genek.tv（建議...
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你知道如何比較兩個VCF文件嗎？
最近工作中遇到需要比對兩個不同的VCF文件，看看兩個VCF文件中哪些變異位點是相同的，哪些是不同的。為了尋找解決辦法，于是求救Google，發(fā)現(xiàn)了一篇非常不錯的教程。于是今天...
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染色體上畫基因結(jié)構(gòu)圖分布圖之gggenes2018-11-7 基因結(jié)構(gòu)圖繪制之gggenes 最重要的包參考鏈接補上 https://github.com/wilkox/gggenes 安裝包 注意這里繪圖需要將Rs...
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基因組組裝----SPAdes(一)
關(guān)于基因組組裝的流程可以參考我的簡書:http://www.itdecent.cn/p/e02ecd537c83 前面介紹了SOAPdenovo2的使用，但是由于結(jié)果整體不...
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FastQC&Trimmomatic的安裝及使用用FastQC或Trimmomatic去接頭，低質(zhì)量堿基 Fastqc 1、可直接對.fq.gz壓縮文件操作2、結(jié)果默認路徑生成在同文件的目錄下，生成的文件夾為XX_fast...
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質(zhì)控軟件fastQC的安裝及用法
FastQC是一款基于Java的軟件，它可以快速地對測序數(shù)據(jù)進行質(zhì)量評估，得到多個測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量參數(shù)，讓我們對測序數(shù)據(jù)質(zhì)量有個初步的認識，從而判斷后續(xù)的質(zhì)控如何進行。 Fas...
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使用Trimmomatic過濾低質(zhì)量序列
測序得到的raw reads一般多少會有些質(zhì)量低或者帶有adapters的序列，而Trimmomatic是一個很好的用來處理Illumina公司raw reads的軟件。 1...
