發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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非root權(quán)限下安裝vcftools并使用vcf-query
使用https://github.com/vcftools/vcftools下載的安裝包安裝時(shí)需要root權(quán)限，這時(shí)可以使用sourceforge中已編譯的包。 具體方法如下...
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vcftools安裝碰到的坑
在群體遺傳學(xué)相關(guān)的系數(shù)計(jì)算這一塊，vcftools是個(gè)很好的工具，操作簡(jiǎn)單，可以從變異檢測(cè)的vcf出發(fā)，直接計(jì)算Pi系數(shù)，TajimaD系數(shù)以及Fst系數(shù)，還是比較方便。 安...
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admixture 群體結(jié)構(gòu)分析http://dalexander.github.io/admixture/admixture-manual.pdf[http://dalexander.github.io/...
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VCF文件參數(shù)解讀VCF (variant callformat) 文件記錄了所有樣品基因組中所有位置變異（主要包括SNP和InDel）信息。后續(xù)幾乎所有分析內(nèi)容都是基于此文件，如進(jìn)化樹分析、...
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VCF文件轉(zhuǎn)換成Excel文件操作步驟
VCF格式是通訊錄的文件格式，也被稱為vCard文件，常用來導(dǎo)入導(dǎo)出和分享。雖然很多手機(jī)都支持該格式，但是在查看上可能不太方便。如果想要把VCF文件轉(zhuǎn)換成Excel格式，可以...
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連雨不知春去，一晴方覺夏深
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用R語言對(duì)vcf文件進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘.9 如何單獨(dú)分離染色體
目錄 前言[http://www.itdecent.cn/p/729673778e43] 方法簡(jiǎn)介[http://www.itdecent.cn/p/d9bd081763...
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生信log36|如何處理超大的文件：以處理VCF文件為例附python解決方法和策略以前自學(xué)機(jī)器學(xué)習(xí)的時(shí)候經(jīng)常遇到一些，10幾個(gè)G甚至更大的數(shù)據(jù)集，自己的電腦的存儲(chǔ)不太夠，就沒有做那些數(shù)據(jù)集了。直到最近因分析需求需要清洗100G+的數(shù)據(jù)，才真正接觸到真正意義...
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vscode 遠(yuǎn)程linux R配置（實(shí)時(shí)圖像配置-debug）作為生信分析，由于許多包的相互不兼容，這時(shí)可能需要很多下載很多不同版本的R。而遠(yuǎn)程使用rstudio-server 來進(jìn)行編程非常麻煩（1.root權(quán)限 2.不易安裝 3.端...
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最大似然估計(jì)（ML）和REML
A.F. Zuur et al., Mixed Effects Models and Extensions in Ecology with R, p116-119, chr ...
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TCGA 02 不同數(shù)據(jù)DEG結(jié)果取交集火山圖及韋恩圖展示1. 三個(gè)數(shù)據(jù)集差異基因火山圖（每10個(gè)腫瘤和正常組織樣本） 導(dǎo)入表達(dá)矩陣，選擇NT組的前10和TP組的前10個(gè)樣本進(jìn)行差異分析 繪制第一個(gè)火山圖 選擇NT組的11-20和T...
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一路涉足、一路留戀、一路回望。依舊前行!
