笑是生活的解藥。 笑是我們社會(huì)大眾倡導(dǎo)的，笑是生活的解藥，笑一笑十年少，也有很多類似的諺語這樣詮釋它。但是最近人間清醒-呼蘭這次叫起真了。 呼蘭，脫口秀演員，畢業(yè)于美國的哥倫...
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笑是生活的解藥？不，笑是生活的麻藥
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二代測序文庫構(gòu)建-概述與挑戰(zhàn)（1）高通量測序又稱NGS，重新定義了基因組學(xué)研究。近年來，NGS技術(shù)穩(wěn)步發(fā)展，伴隨著成本下降以及測序應(yīng)用呈指數(shù)增加。本文，我們研究了影響測序文庫質(zhì)量的關(guān)鍵因素，以及，在DNA來源...
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49.《Bioinformatics Data Skills》之rtracklayer
上文介紹的GenomicFeatures包在統(tǒng)一方便的同時(shí)，也犧牲掉了靈活性。這里介紹另外一個(gè)R包rtracklayer，提供GTF/GFF，BED，BED Graph文件的...
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34. 《Bioinformatics Data Skills》之a(chǎn)wk文本處理
前面我們學(xué)習(xí)了基本的Unix表格文本數(shù)據(jù)的處理命令（grep, cut, sort, uniq等），但是在更加復(fù)雜的情況下這些命令使用起來就力不從心了。對表格數(shù)據(jù)進(jìn)行更加復(fù)雜...
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35.《Bioinformatics Data Skills》之生物信息文本處理利器bioawk
作為表格文本處理命令awk的延伸，Heng Li開發(fā)了專門處理生物信息學(xué)的文件（例如bed, sam, vcf, gtf等）的命令bioawk，我們了解一下。 簡介 bioa...
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為什么依然這么多人搞meta分析？
為什么現(xiàn)在這么流行生信數(shù)據(jù)挖掘和臨床數(shù)據(jù)挖掘，身邊依然還是很多人在做meta分析？此外，已經(jīng)有部分單位不承認(rèn)meta分析，實(shí)行三不政策（不能用來畢業(yè)、不能用來普升、不進(jìn)行獎(jiǎng)勵(lì)...
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conda進(jìn)行服務(wù)器R版本管理
通過conda進(jìn)行R版本管理不需要管理員權(quán)限，并且非常方便高效，下面我們學(xué)習(xí)一下該如何使用。 1. 安裝Miniconda 下載conda： 輸入下面的命令，按照引導(dǎo)安裝co...
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44.《Bioinformatics Data Skills》之深度計(jì)算與存儲(chǔ)
基因組由無數(shù)的堿基位點(diǎn)組成，每個(gè)位點(diǎn)都可以生成不同類型的注釋信息包括測序深度，GC含量等等。這里了解一下IRanges包對基因組深度的計(jì)算與存儲(chǔ)方式。 rung-length...
