前一篇推送已經(jīng)與大家分享了這篇發(fā)表在Nature Plants上的關(guān)于小麥再生的文章。涉及的生信分析非常豐富，其比較重要的是關(guān)于轉(zhuǎn)錄因子的分析。所以這次推送就其中重要的幾項轉(zhuǎn)...
發(fā)簡信
IP屬地：河北
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生信分析：轉(zhuǎn)錄因子分析-NP-小麥再生 -
差異共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)-Co-expression networks寫在前面，這篇文章主要整理自于Gene co-expression analysis for functional classification and gene–disea...
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第9篇：差異peaks分析——DiffBind學(xué)習(xí)目標(biāo) 學(xué)習(xí)用DiffBind流程評估兩個樣本間的差異結(jié)合區(qū)域 用PCA評估樣本間的關(guān)系 評估不同工具得到的差異peaks的一致性 評估差異peaks富集的工具 ATAC-...
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利用HOMER預(yù)測目標(biāo)序列的motif（從運行程序到結(jié)果解讀，以及注意事項）關(guān)于查找motif，目前有很多種軟件可以進行預(yù)測。我所在的實驗室通常使用FIMO（MEME套件里的一個），但是有很多文獻(xiàn)里也提到了HOMER這個軟件，并且不乏一些影響因子很高...
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ATAC-seq分析實操生信技能樹健明教程放在最前面的參考鏈接：給學(xué)徒的ATAC-seq數(shù)據(jù)實戰(zhàn)（附上收費視頻) 數(shù)據(jù)來源的文章： The landscape of accessible chromatin in m...
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使用R包ChIPseeker實現(xiàn)對ChIP-seq peaks的注釋ChIP-seq試驗普遍用于探究蛋白質(zhì)與核酸的結(jié)合作用。例如最常見的，期望獲得某個轉(zhuǎn)錄因子的功能，查看它結(jié)合到哪些基因啟動子區(qū)域并調(diào)控它們的轉(zhuǎn)錄，以及更高級的分析識別該轉(zhuǎn)錄因...
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ATAC-seq分析干貨-2
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關(guān)的背景知識。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組范圍內(nèi)推測可能的開放染色質(zhì)位點...
