使用軟件SMRTlink 9轉(zhuǎn)換。 PacBio官網(wǎng)下載SMRTlink 9, https://downloads.pacbcloud.com/public/software...
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MEME 安裝 我的一些基本環(huán)境 CentOS 7.8 Bash 4.2.46 gcc 9.1.0 并行依賴 / MPICH安裝 若需要并行計算的話,在安裝MEME之前,需要...
目錄MCScanX下載及安裝數(shù)據(jù)準(zhǔn)備MCScanX運(yùn)行及結(jié)果Ka & Ks 計算下游畫圖腳本最后 MCScanX有兩個主要的功能, 一是, 方便使用者發(fā)現(xiàn)共線性(collin...
一、β多樣性分析的概念 Beta多樣性指的是樣本間多樣性。在腸道菌群分析中,Beta多樣性是衡量個體間微生物組成相似性的一個指標(biāo)。通過計算樣本間距離可以獲得β多樣性計算矩陣,...
導(dǎo)讀 利用富集分析,我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個比較整體反應(yīng)事件發(fā)生的概述性的句子。 例如:TP53信號通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)。而不是說BAX、BID、ABL1、...
導(dǎo)讀 主成分分析(Principal Components Analysis,PCA),也稱主分量分析或主成分回歸分析法,是一種無監(jiān)督的數(shù)據(jù)降維方法。PCA通過線性變換將原始...
基本概念 Fst:群體間遺傳分化指數(shù),是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法,分化指數(shù)越大,差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。用于衡量種群分化程度,取值從0到1,為0則認(rèn)為兩...
基本概念 SNP:單核苷酸多態(tài)性主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。 SNP位點(diǎn)注釋:顧名思義也就是把SNP位點(diǎn)信息和基因組信息相關(guān)聯(lián),比如有多...
基本概念 單體型:又稱單倍體型或單元型,是個體組織中,完全遺傳自父母雙方中某一親本的一組等位基因。擁有特定SNP的個體常常在附近某一特定變異位點(diǎn)擁有特定等位基因,這種關(guān)系叫做...