之前我們?cè)谥v轉(zhuǎn)錄組系列的時(shí)候，說(shuō)過(guò)差異基因的功能富集，用的是GO和KEGG分析。但是這遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠，很多研究者更喜歡使用GSEA，全名是Gene Set Enrichment A...
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不好好作圖的NCS系列(五)：從這篇Cell學(xué)習(xí)GSEA的R語(yǔ)言分析及作圖
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DESeq2 差異表達(dá)分析
Analyzing RNA-seq data with DESeq2 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vi...
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2020-10-24 RNAseq 從fq開始分析全流程分析流程 1.上傳四個(gè)樣本原始就文件到服務(wù)器 參考http://www.itdecent.cn/p/a84cd44bac67[http://www.itdecent.cn...
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R語(yǔ)言進(jìn)行GSEA分析先加載R包 第一步：差異分析 首先是用limma包做差異分析的過(guò)程 這里由于做的時(shí)候是FPKM數(shù)據(jù)，所以參考了生信技能樹的教程： 第二步：獲取基因集 MSigDB可以方便地獲...
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（七）：GSEA——基因集富集分析本節(jié)概覽：1.GSEA簡(jiǎn)單介紹2.創(chuàng)建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler進(jìn)行GS...
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GSEA 從數(shù)據(jù)到美圖0.輸入文件和R包 文件有兩個(gè)，一個(gè)是差異分析結(jié)果；一個(gè)是msigdb數(shù)據(jù)庫(kù)下載的gmt文件。 gsea要求的輸入數(shù)據(jù)格式是排序后的logFC值，數(shù)據(jù)類型為向量，向量名字是e...
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“GSEA簡(jiǎn)易分析工具”和” GSEA結(jié)果可視化工具”為了解決四個(gè)難題我們?cè)O(shè)計(jì)開發(fā)了“GSEA簡(jiǎn)易分析工具”和” GSEA結(jié)果可視化工具” 01—研究背景 Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分...
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ClusterProfiler基因集富集分析，支持基因集物種為什么pathway富集分析結(jié)果沒(méi)有我感興趣的通路？ 圖1 GSEA原理（圖片來(lái)自plob.org） GSEA分析原理 利用所有基因的表達(dá)值，計(jì)算每個(gè)基因在兩個(gè)表型（Clas...
