把RNA-seq(2)-2下載的sra文件轉(zhuǎn)換為fastq格式的測(cè)序文件，并且用fastqc軟件測(cè)試測(cè)序文件的質(zhì)量，理解各指標(biāo)的意義。 1 數(shù)據(jù)解壓：用samtools中的f...
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RNA-seq(3):sra到fastq格式轉(zhuǎn)換并進(jìn)行質(zhì)量控制 -
RNA-seq(1) :用conda安裝RNA-seq所需要的工具
寫在前面: 來自生信技能樹《生信必修課之軟件安裝》學(xué)會(huì)用包管理工具安裝軟件 普通安裝和配置，請(qǐng)看這篇Linux下bowtie2安裝(非conda)和配置 注意 現(xiàn)在清華鏡像源...
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（一）：上游數(shù)據(jù)下載、格式轉(zhuǎn)化和質(zhì)控清洗本節(jié)概覽：1.在文章中找到 GEO accession number, 從NCBI獲取數(shù)據(jù)SRR號(hào)2.在linux中使用prefetch命令根據(jù)SRR號(hào)下載SRA文件3.使用...
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WGCNA分析 | 全流程代碼分享 | 代碼三關(guān)于WGCNA的分析，共有3期教程，今天是的第三期。前面兩期是使用代碼進(jìn)行分析的，也是我們的平時(shí)最常用的分析方法，對(duì)我個(gè)人來說也是最簡(jiǎn)潔的方法。（PS：對(duì)于使用代碼分析，個(gè)人...
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遺傳作圖軟件Joinmap4.0使用方法軟件下載及安裝網(wǎng)上都有教程。具體不再贅述。本文具體講解Joinmap具體操作（網(wǎng)上沒有這么詳細(xì)）。 首先打開Joinmap4.0 創(chuàng)建文件 點(diǎn)...
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MEGA 新版 MEGAX 蛋白質(zhì)序列進(jìn)化樹構(gòu)建軟件下載：https://www.megasoftware.net/ 1、數(shù)據(jù)輸入 2、進(jìn)化樹構(gòu)建 這就畫出來了 調(diào)整成圓形 有點(diǎn)多哈 此外這次分析的蛋白質(zhì)序列，大概這個(gè)樣子
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MEGA 構(gòu)建進(jìn)化樹步驟
【轉(zhuǎn)載】 分子進(jìn)化的研究對(duì)象是核酸和蛋白質(zhì)序列。研究某個(gè)基因的進(jìn)化，是用它的DNA序列，還是翻譯后的蛋白質(zhì)序列呢？序列的選取要遵循以下原則：1）如果DNA序列的兩兩間的一致度...
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系統(tǒng)進(jìn)化樹簡(jiǎn)介及構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹學(xué)習(xí)筆記。 系統(tǒng)進(jìn)化樹簡(jiǎn)介 系統(tǒng)進(jìn)化樹（Phylogenetic tree）：用一種類似樹狀分支圖形來概括各節(jié)點(diǎn)之間的進(jìn)化關(guān)系，節(jié)點(diǎn)可以是不同物種、同一物種不同樣本...
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基因家族分析（1）——進(jìn)化樹構(gòu)建與美化更多內(nèi)容關(guān)注微信公眾號(hào)：“今日之森” 后獲取。 “好看的皮囊千篇一律，有趣的靈魂萬里挑一” 進(jìn)化樹的構(gòu)建絕不僅僅是將一堆序列扔進(jìn)MEGA等建樹軟件，隨便生成樹那么簡(jiǎn)單，因?yàn)榭?..
