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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級(jí)分析+多組學(xué)分析寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時(shí)候感覺是浪費(fèi)時(shí)間，但是在寫的時(shí)候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識(shí)，不斷記錄反思，也...
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生信分析中的p值，q值，padj值和pvalue值
pvalue(pval): 統(tǒng)計(jì)學(xué)差異顯著性檢驗(yàn)指標(biāo)。qvalue(p-adjusted): 校正后的p值（qvalue=padj=FDR=Corrected p-Value...
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一文讀懂FastQC Report前言：從今天開始就開始為拼裝轉(zhuǎn)錄組做準(zhǔn)備啦，今天聽了技能樹組織的生信人論壇，感覺很有意思。特此聲明：本文所有代碼及文件經(jīng)通過本人親自實(shí)踐！絕對(duì)沒有副作用！當(dāng)然希望大家多提出寶...
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2021-03-22 轉(zhuǎn)錄組原始測(cè)序數(shù)據(jù)-ascp下載原始數(shù)據(jù)因?yàn)镚EO和SRA數(shù)據(jù)庫互通，GEO不存fastq數(shù)據(jù)，只存別人定量好的下游的FPKM的值；TCGA原始的fastq數(shù)據(jù)需要有權(quán)限申請(qǐng)，但count數(shù)據(jù)是會(huì)有的；所以下載原始...
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使用SingleR包進(jìn)行單細(xì)胞類型注釋分析SingleR包簡(jiǎn)介 SingleR是一個(gè)用于對(duì)單細(xì)胞RNA-seq測(cè)序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)進(jìn)行細(xì)胞類型自動(dòng)注釋的R包（Aran et al.2019）。它通過給定的具...
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使用pyscenic進(jìn)行單細(xì)胞調(diào)控子計(jì)算
注：pyscenic發(fā)表在Nature protocol上，題為：A scalable SCENIC workflow for single-cell gene regula...
