Seurat官網(wǎng)：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
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Seurat對象、SingleCellExperiment對象和scanpy對象的轉(zhuǎn)化 -
Seurat包之導(dǎo)入單細胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細胞數(shù)據(jù)集時，會遇到常見各種單細胞測序數(shù)據(jù)格式?，F(xiàn)總結(jié)如下，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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Provided graph.name not present in Seurat object
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R將列表（list）轉(zhuǎn)換成數(shù)據(jù)框/矩陣
淡水魚寫于2020/2/15 將列表轉(zhuǎn)換成矩陣，接著由矩陣轉(zhuǎn)換成數(shù)據(jù)框。Eg.a,b,c,d,e均是R中的變量。 1-要掌握matrix()函數(shù)的用法，如果list_eg中每...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-5-熟悉文獻作者提供的兩個表達矩陣劉小澤寫于19.6.17-第二單元第三講：熟悉文獻作者提供的兩個表達矩陣 筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：ht...
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SingleR單細胞類型自動注釋與celldex參考數(shù)據(jù)包SingleR包可基于參考數(shù)據(jù)集，實現(xiàn)對單細胞數(shù)據(jù)細胞類型的自動注釋。celldex包提供若干常用的人/老鼠的注釋細胞類型的Bulk RNA-seq/microarray參考...
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R語言中的switch函數(shù)用法
R語言中的switch與其它語言中的switch有很大區(qū)別。 在R中，switch函數(shù)的語法形式如下： 其中，expr為表達式，其值或為一個整數(shù)值或為一個字符串；list為一...
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linux cut 命令提取指定列1、創(chuàng)建了一個示例數(shù)據(jù)a.txt seq 11 30|xargs -n 5|sed 's/ /\t/g' > a.txt 提取第一列 ： cut -f 1 a.txt 提取第...
