今天分享的學(xué)習(xí)筆記是一套轉(zhuǎn)錄組分析簡單流程,適用于初學(xué)者入門閱讀,從原始測序數(shù)據(jù)開始,經(jīng)過質(zhì)控、序列比對、定量表達(dá)、差異表達(dá)、功能富集等一系列分析步驟,最終獲得基因表達(dá)信息。...
今天分享的學(xué)習(xí)筆記是一套轉(zhuǎn)錄組分析簡單流程,適用于初學(xué)者入門閱讀,從原始測序數(shù)據(jù)開始,經(jīng)過質(zhì)控、序列比對、定量表達(dá)、差異表達(dá)、功能富集等一系列分析步驟,最終獲得基因表達(dá)信息。...
寫在前面 以前總看到問題是,基因結(jié)構(gòu)可視化的問題;現(xiàn)在則變成了啟動子元件的預(yù)測或者說可視化。這本身比較簡單,也比較玄乎,所以我一直不是太樂意與別人討論。但學(xué)院今天斷網(wǎng),手上的...
新的系列系列教程[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]已上傳,大家可以去看新的教程 1.orthofinder介紹 OrthoFin...
clusterProfiler包是Y叔開發(fā)的一個強大的能進(jìn)行多種功能富集的R包,對于有OrgDb或AnnotationHub中收錄的物種進(jìn)行GO和KEGG的富集分析非常的方便...
請一定看這里:寫下來只是為了記錄一些自己的實踐,當(dāng)然如果能對你有所幫助那就更好了,歡迎大家和我交流 差異分析流程: 1 初始數(shù)據(jù) 2 標(biāo)準(zhǔn)化(normalization):D...
說在前面 在國內(nèi)做生信的小伙伴或多或少都聽過一個大名鼎鼎的名字---Y叔,想當(dāng)初小編初入生信大門時還專門百度查了一下,他就是南方醫(yī)科大學(xué)生物信息學(xué)系主任余光創(chuàng)教授。Y叔在國際...
轉(zhuǎn)載自 LAI: 評估基因組質(zhì)量一個標(biāo)準(zhǔn) 基因組組裝完成之后,就需要對最后的質(zhì)量進(jìn)行評估。我們希望得到的contig文件中,每個contig都能足夠的長,能夠有一個完整的基...
如何使用MUMmer比對大片段序列 測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候,大家得到的序列都是單個基因的長度,所以一般都是逐個基因的比較,用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方...