今天分享的學(xué)習(xí)筆記是一套轉(zhuǎn)錄組分析簡單流程，適用于初學(xué)者入門閱讀，從原始測序數(shù)據(jù)開始，經(jīng)過質(zhì)控、序列比對、定量表達(dá)、差異表達(dá)、功能富集等一系列分析步驟，最終獲得基因表達(dá)信息。...
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RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析丨一套完整的案例流程
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植物啟動子-順式作用元件-批量提取-預(yù)測-可視化分析寫在前面 以前總看到問題是，基因結(jié)構(gòu)可視化的問題；現(xiàn)在則變成了啟動子元件的預(yù)測或者說可視化。這本身比較簡單，也比較玄乎，所以我一直不是太樂意與別人討論。但學(xué)院今天斷網(wǎng)，手上的...
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利用orthofinder尋找單拷貝基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹新的系列系列教程[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]已上傳，大家可以去看新的教程 1.orthofinder介紹 OrthoFin...
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使用clusterProfiler包對非模式生物進(jìn)行GO和KEGG的富集分析
clusterProfiler包是Y叔開發(fā)的一個強大的能進(jìn)行多種功能富集的R包，對于有OrgDb或AnnotationHub中收錄的物種進(jìn)行GO和KEGG的富集分析非常的方便...
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉(zhuǎn)換ID并注釋請一定看這里：寫下來只是為了記錄一些自己的實踐，當(dāng)然如果能對你有所幫助那就更好了，歡迎大家和我交流 差異分析流程: 1 初始數(shù)據(jù) 2 標(biāo)準(zhǔn)化(normalization)：D...
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富集分析天花板之ClusterProfiler4說在前面 在國內(nèi)做生信的小伙伴或多或少都聽過一個大名鼎鼎的名字---Y叔，想當(dāng)初小編初入生信大門時還專門百度查了一下，他就是南方醫(yī)科大學(xué)生物信息學(xué)系主任余光創(chuàng)教授。Y叔在國際...
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基因組質(zhì)量評估 | LAI轉(zhuǎn)載自 LAI: 評估基因組質(zhì)量一個標(biāo)準(zhǔn) 基因組組裝完成之后，就需要對最后的質(zhì)量進(jìn)行評估。我們希望得到的contig文件中，每個contig都能足夠的長，能夠有一個完整的基...
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應(yīng)該是最新最詳細(xì)的MUMmer中文使用說明如何使用MUMmer比對大片段序列 測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候，大家得到的序列都是單個基因的長度，所以一般都是逐個基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方...
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