一、awk簡(jiǎn)介 awk 是一種編程語言，用于在linux/unix下對(duì)文本和數(shù)據(jù)進(jìn)行處理。數(shù)據(jù)可以來自標(biāo)準(zhǔn)輸入、一個(gè)或多個(gè)文件，或其它命令的輸出。支持用戶自定義函數(shù)和動(dòng)態(tài)正則...
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shell命令之a(chǎn)wk
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Linux文本編輯三劍客之---awk的使用
1、awk 1.1 認(rèn)識(shí)awk awk是一種編程語言，用于在linux/unix下對(duì)文本和數(shù)據(jù)進(jìn)行處理。數(shù)據(jù)可以來自標(biāo)準(zhǔn)輸入(stdin)、一個(gè)或多個(gè)文件，或其它命令的輸出...
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2018-11-01GWAS實(shí)戰(zhàn)（四）plink 進(jìn)階之?dāng)?shù)據(jù)過濾數(shù)據(jù)好不好，影響到結(jié)果的準(zhǔn)確性，所以我們要來對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾，過濾前，我們應(yīng)該對(duì)數(shù)據(jù)的部分特征進(jìn)行統(tǒng)計(jì)描述，以此為依據(jù)來進(jìn)行過濾。 這里介紹的幾個(gè)指標(biāo)：1.individual...
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GeneFuse使用DNA數(shù)據(jù)篩查融合基因工具
工作需要，用DNA數(shù)據(jù)直接跑融合基因，網(wǎng)上的介紹大多是用RNA轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)。終于發(fā)現(xiàn)一款genefuse軟件可以做到！在GitHub，anaconda都有源代碼包 #軟件原網(wǎng)址：...
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Plink提取tagSNPs
Plink提取tagSNPs 1）識(shí)別haplotype block 在提取tagSNPs之前需要先識(shí)別haplotype block，這一步的代碼很多教程里都給了出來： p...
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長(zhǎng)染色體bam索引創(chuàng)建及變異檢測(cè)
在變異檢測(cè)的所有階段，都需要對(duì)文件進(jìn)行索引，不管是輸入的基因組文件，還是輸出的比對(duì)結(jié)果和變異結(jié)果文件。不同的軟件處理會(huì)生成不同的索引，供后續(xù)不同的軟件使用，但不可避免的會(huì)出現(xiàn)...
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男人一生有五個(gè)“關(guān)卡”要過，可命苦的男人，都在第三關(guān)妻離子散在現(xiàn)代社會(huì)，我們都聽過這么一句話，那就是關(guān)關(guān)難過關(guān)關(guān)過，夜夜難熬夜夜熬。 人生就是一個(gè)“過五關(guān)斬六將”的過程。不論你多有本事，當(dāng)你過了這一關(guān)之后，下一關(guān)的難題都會(huì)如約而至。 ...
