這是ggplot2可視化專題的第二個實(shí)例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
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單/多個基因在組間同時展示的多種選擇：分組小提琴圖、分組/分面柱狀圖、單基因蜂群點(diǎn)圖拼圖繪制 -
文獻(xiàn)閱讀 | MOCHI:識別基因調(diào)控網(wǎng)路中的互作模塊原文鏈接:Tian D, Zhang R, Zhang Y, Zhu X, Ma J. MOCHI enables discovery of heterogeneous in...
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SCTransform：單細(xì)胞樣本的標(biāo)準(zhǔn)化Seurat從3.0版本引進(jìn)了SCTransform這個函數(shù)用來對數(shù)據(jù)做標(biāo)準(zhǔn)化，并且這一個函數(shù)可以代替三個函數(shù)（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）整合分析批次處理之細(xì)節(jié)（harmony）
hello，下半年開始，我們也要開始新的工作了，今天我們需要解決的問題有兩個。 （1）細(xì)胞亞群細(xì)分的時候仍然要分開樣本去除批次效應(yīng)？？？harmony （2）harmony算...
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【三維基因組】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step3【Juicer差異loop分析】HiCCUPSDiff HiCCUPS Diff 可以幫助你尋找差異loop注意:HiCCUPSDiff works by checking ...
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2020-10-24 RNAseq 從fq開始分析全流程分析流程 1.上傳四個樣本原始就文件到服務(wù)器 參考http://www.itdecent.cn/p/a84cd44bac67[http://www.itdecent.cn...
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[R]bioconductor之GenomicFeatures學(xué)習(xí)GenomicFeatures包主要提供了TxDb對象結(jié)構(gòu)。基于此對象的操作，we can easily download the genomic locations of ...
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RNA-seq分析簡潔版前面RNA-seq分析：從軟件安裝到富集分析部分已經(jīng)把轉(zhuǎn)錄組全部流程走完了一遍，這次利用RNA-seq(2)-2:下載數(shù)據(jù)中下載的肝癌數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，不在贅述細(xì)節(jié)，所以有看細(xì)節(jié)...
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使用HINT-ATAC進(jìn)行ATAC-Seq的footprinting分析關(guān)于ATAC-seq分析，在網(wǎng)上看到兩篇關(guān)于同一片綜述的翻譯，寫的很好：ATAC-seq數(shù)據(jù)分析工具的比較和推薦（Genome Biology綜述）ATAC-seq生信分析綜...
