yuxuan ICGC數(shù)據(jù)下載、表達(dá)矩陣整理相關(guān)內(nèi)容詳見小潔老師“生信星球”公眾號(hào)的推文《ICGC數(shù)據(jù)下載和整理》,本整理過(guò)程也會(huì)用其整理的數(shù)據(jù),詳見: https://mp...
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已經(jīng)跟著生信星球?qū)W習(xí)生信一個(gè)星期了,課程結(jié)束還有點(diǎn)舍不得,接下來(lái)我想談?wù)勥@周的學(xué)習(xí)感悟和所得。 其實(shí),關(guān)注生信星球,認(rèn)識(shí)豆豆花花,都已經(jīng)有很長(zhǎng)一段時(shí)間了。還記得當(dāng)時(shí)畢業(yè)設(shè)計(jì)忙...
前面提到過(guò)gdcRNAtools里面的ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 構(gòu)建鑒定ceRNA的標(biāo)準(zhǔn)有4個(gè):(1)lncRNA和mRNA之間共享的miRNA數(shù)量;(2)lncRNA與mRNA的...
變異數(shù)據(jù)處理的總體思路如下: 1.數(shù)據(jù)下載 TCGA的突變數(shù)據(jù)有4個(gè)軟件得到的不同版本: 這個(gè)可以在gdc的官網(wǎng)上找到,case選擇KIRC,文件類型選擇maf即可獲得。 選...
Compiled: March 18, 2021 來(lái)源:https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html[...
前言 在論文閱讀的過(guò)程中,經(jīng)常遇到使用特異性(specificity)和靈敏度(sensitivity)這兩個(gè)指標(biāo)來(lái)描述分類器的性能。對(duì)這兩個(gè)指標(biāo)表示的含有一些模糊,這里查閱...
這是是生信技能樹生信爆款入門課程[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247497973&idx=2...
舉個(gè)栗子 這是一組隨機(jī)數(shù),假如需要把這樣的一組數(shù)字放在圖里,是需要整齊統(tǒng)一的顯示出來(lái)?;旧嫌袃煞N思路,一是保留相同的位數(shù),二是用相同格式的科學(xué)計(jì)數(shù)法表示。 方法一:統(tǒng)一保留...
需求 1.快捷查找ID對(duì)應(yīng)的description,知道通路對(duì)應(yīng)的編號(hào)是多少。2.找出某一個(gè)/幾個(gè)通路里的全部基因,用來(lái)做單獨(dú)的下游分析。 如果是要做KEGG的富集分析,cl...