一、4Dtv（四倍簡并位點顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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WGD（全基因組復制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計算 -
個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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生信軟件的使用：fastacmd的提取較大基因組序列
寫在前面： 最近要將參考基因組(4.1G，粗山羊草)的每一條染色體單獨提取出來，之前我寫過一個使用faSomeRecords的帖子基因組學5-利用faSomeRecords根...
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生信軟件的使用:bwa-mem2小測試
寫在前面 最近在利用小麥的重測序數(shù)據(jù)進行mapping，小麥是一個很奇特的物種，六倍體，有ABD三個基因組，基因組大小約為17Gb，因此，制約小麥重測序數(shù)據(jù)分析的一個很大的問...
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生物轉(zhuǎn)生信，流程之外有天地，分享生信有關的文獻，技巧等一切與生信有關的主題。
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基因組學5-利用faSomeRecords根據(jù)基因ID提取基因序列安裝 從該網(wǎng)址下載其安裝腳本：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ 我一般都是保存在bin目錄下，cd...
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生信軟件的安裝1-SRAtoolkit寫在前面 最近服務器的我最常用的那個節(jié)點又壞了，那個環(huán)境我搭建的很好，幾乎所有數(shù)據(jù)和軟件都在那上面。但是，無奈之下只能換到另一個節(jié)點，一切都要從頭再來，就包括安裝軟件，事已至...
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單個基因的生物信息學分析(2)-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預測本期的主題仍然屬于《單個基因的生物信息學分析》，主要講解介紹一下單個蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域分析。 網(wǎng)站鏈接如下：InterPro 打開主頁面顯示如圖1，注意的是，一次只能進行一個蛋白序...
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單個基因的生物信息學分析(1)-基因結(jié)構(gòu)與功能分析在生物學分析中，我們經(jīng)常會針對某個基因進行生物學功能分析，比較常見的包括基因結(jié)構(gòu)預測，功能注釋，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預測（跨膜域，信號肽），同源基因分析，多序列比對，亞細胞定位預測，...
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植物基因組學-fastp進行高通量測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控對于各位小伙伴來說，無論是自己獨立進行高通量測序數(shù)據(jù)分析，還是解讀公司的測序結(jié)果，一個必須要面對的情況就是高通量測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制，又稱Quality Control。照顧到...
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植物基因組-基因組分析中的“地圖”文件(gff3和gtf文件介紹)常見的生物信息分析中，基因組的注釋文件和參考基因組具有相同重要的功能，如果說參考基因組是一個蘊含著所有資源的寶島，那么基因組的注釋文件就是航海路線圖。因此，理解基因組注釋文件...
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植物基因組學-專屬于小麥的測序數(shù)據(jù)庫IWGSC今天將為大家介紹小麥的特有的生物學網(wǎng)站，該數(shù)據(jù)庫是由國際小麥基因組測序聯(lián)盟(International Wheat Genome Sequencing Consortium,...
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植物基因組學-小麥基因組數(shù)據(jù)介紹以及獲取小麥是世界上最重要的糧食作物之一，隨著新一代測序技術(shù)的發(fā)展，小麥的基因組學發(fā)展迅速。本文主要介紹小麥常用的基因組數(shù)據(jù)庫以及基因組數(shù)據(jù)庫下載，方便為從事小麥研究的同學提供一...
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有一個問題，如果我時行分割沒有空格的一個字符串，該怎么辦？我有一行數(shù)據(jù)是“aaaaaa”，怎么進行分割呢
python split() 方法
本文講述的是string.split(s[, sep[, maxsplit]])，針對string類型的split()函數(shù)。它主要是切割字符串，結(jié)果返回由字符串元素組成的一個...
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生信技能樹，生信菜鳥團，jimmy
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