1. 火山圖？ 之前瞥到了小明的 跟著Cell學(xué)作圖：R語言ggplot2作圖展示差異表達(dá)的基因[http://www.itdecent.cn/p/ed1882db13d8...
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統(tǒng)計(jì)繪圖 | 這個(gè)能不能作為【火山圖】？ -
分析 | GO 富集分析
從研一來到組里，一直聽到 GO 富集分析幾個(gè)字。直到現(xiàn)在，研二基本結(jié)束了，我都沒做過，也不會(huì)做。有一個(gè)大概的認(rèn)識，就是，自己的基因集中某種功能基因的占比要高于這種功能的基因在...
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分析 | 比較基因組 | 共線性分析
網(wǎng)上已經(jīng)有很多教程，自己嘗試梳理。 共線性分析，你會(huì)想到什么？基于蛋白編碼基因1.1 MCScanX[https://github.com/wyp1125/MCScanX] ...
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分析 | kaks 計(jì)算
準(zhǔn)備文件：test.cds.fa、test.pep.fa 1. 分步計(jì)算 1.1 序列全局比對 注意：這里我將同源基因兩兩配對，在實(shí)際分析中選擇的是共線性塊的基因?qū)Α?1.2...
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基礎(chǔ) | 國際年代地層表https://stratigraphy.org/chart[https://stratigraphy.org/chart]，該表一直更新，還具有多種語言版本（英文版、中文版...
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腳本 | Shell | 提取每個(gè)轉(zhuǎn)錄本的intron坐標(biāo)
即使原gff文件中沒有exon的信息，可以用 腳本 | Shell | 提取每個(gè)轉(zhuǎn)錄本exon坐標(biāo)[http://www.itdecent.cn/p/92ef215932b...
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腳本 | R | 轉(zhuǎn)錄組 counts 2 tpm
看了一些文章，方法很多。比如先定義函數(shù)，再用sapply......。我是個(gè)只會(huì)用tidyverse的R低端用戶，而且定義函數(shù)過程中用到了log等一些數(shù)學(xué)計(jì)算，我不是很懂，只...
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腳本 | R | 每個(gè)基因在不同處理下表達(dá)量的相關(guān)系數(shù)
通常求表達(dá)量的相關(guān)系數(shù)，是每兩個(gè)樣本間或每兩個(gè)基因間的，最后得到相關(guān)性矩陣。但是我想求一個(gè)基因在不同處理下的相關(guān)系數(shù)，或者特定的一對基因之間相關(guān)系數(shù)，怎么辦？ 方法1. t...
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腳本 | Shell | awk直接根據(jù)列名處理數(shù)據(jù)框
1. awk直接根據(jù)列名處理數(shù)據(jù)框 R中tidyverse處理數(shù)據(jù)框非常方便，可以根據(jù)列名操作相應(yīng)的列。awk 總是根據(jù)$n來操作第n列，當(dāng)列數(shù)太多怎么辦？怎么直接根據(jù)列名操...