這里就是為了記錄一下實驗涉及的思路 eg：我之前的研究中發(fā)現(xiàn)某基因的過表達可以促進腫瘤凋亡，如果我想研究它受到上游哪些基因的調(diào)控或者調(diào)控哪些下游基因，應該怎么做呢? 如果研究...
IP屬地：江蘇
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如何研究目標基因的上下游
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RNA速率：細胞內(nèi)部的指南針博文名稱：RNA Velocity: The Cell’s Internal Compass博文鏈接：https://towardsdatascience.com/rna-v...
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sctransform預處理后，如何進行差異表達分析一、seurat執(zhí)行差異表達分析 根據(jù)單細胞數(shù)據(jù)預處理的方式不同（lognormalize和sctransform），執(zhí)行差異表達分析代碼有所不同，這個需要注意。我當時請教過...
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轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡大亂燉一、檢索已驗證的調(diào)控單基因的轉(zhuǎn)錄因子 1、在線查詢數(shù)據(jù)庫 (http://evexdb.org/)，是以PubMed和PubMed Central中發(fā)表文章的摘要和全文為依據(jù)...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組的文獻思路簡單分析作者，追風少年i 七夕馬上就要到了，古人描寫七夕的詩句很多，不過小時候背的就記得一首 迢迢牽牛星，皎皎河漢女。纖纖擢素手，札札弄機杼。終日不成章，泣涕零如雨。河漢清且淺，相去...
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【空間轉(zhuǎn)錄組】MIA分析之前講過一篇空間轉(zhuǎn)錄組的文獻，里面首次提出了Multimodal intersection analysis(MIA)的空間轉(zhuǎn)錄組分析思路。 MIA分析可以用來評估空間上某個...
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富集分析的原理與實現(xiàn)
一般做完差異分析都會做這一步，目的是找到差異基因富集到的通路，進而與生物學意義聯(lián)系起來。具體的統(tǒng)計方法很簡單，這篇筆記里面的代碼可以從零搭建一個富集分析工具。 后臺回復202...
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單細胞分析實錄(18): 基于CellPhoneDB的細胞通訊分析及可視化 (上篇)
細胞通訊分析可以給我們一些細胞類群之間相互調(diào)控/交流的信息，這種細胞之間的調(diào)控主要是通過受配體結(jié)合，傳遞信號來實現(xiàn)的。不同的分化、疾病過程，可能存在特異的細胞通訊關(guān)系，因此闡...
