需求 tpm、fpkm這樣的數(shù)據(jù),計(jì)算公式里都有“基因有效長度”,有些地方直接叫基因長度。之前計(jì)算這些,都是采用最快的方式—找豆豆。今天想要把這部分逐漸加到課程里,我就必須要...
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歡迎關(guān)注公眾號(hào):oddxix單細(xì)胞mRNA測(cè)序一直是科學(xué)家關(guān)注的一個(gè)熱點(diǎn)。目前市場(chǎng)主要有2種建庫方法,分別是Clontech公司推出的SMART法,和EpiCentre公司推...
要實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞mRNA測(cè)序,需要解決2個(gè)難題:1. 一個(gè)人類細(xì)胞中,RNA總量大約只有10pg左右(1pg=10-12g),其中mRNA的量大約只有0.2pg。要把這么少的mR...
作者:堯小飛審稿:童蒙編輯:amethyst 01 背景介紹 目前在NGS的科技服務(wù)市場(chǎng)上單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和三代是最火的兩個(gè)方向,也是由于工業(yè)技術(shù)升級(jí)帶來的研究的新方向和新視野(...
gz文件是一種壓縮文件,以.gz或者.tar.gz(.tgz)為擴(kuò)展名,在Linux下常見,可以直接解壓使用這種壓縮文件。 .gz文件解壓如果是以.gz擴(kuò)展名結(jié)尾的gz文件,...
劉小樂老師課題組發(fā)布了一個(gè)用于預(yù)測(cè)差異表達(dá)或共表達(dá)基因集的轉(zhuǎn)錄調(diào)控子的工具Lisa文章為:《Lisa: inferring transcriptional regulator...
一、ScaleData()簡(jiǎn)介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后,還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
隨著測(cè)序技術(shù)的改進(jìn),染色質(zhì)免疫沉淀后的高通量測(cè)序(ChIP-Seq)在研究全基因組蛋白質(zhì)-DNA相互作用方面越來越流行。為了解決缺乏強(qiáng)大的ChIP-Seq分析方法的問題,我們...
理解ChIP-Seq 到了目前這個(gè)水平,我學(xué)習(xí)新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時(shí)已經(jīng)不再考慮代碼應(yīng)該如何寫的問題了。我更多要去考慮一個(gè)技術(shù)的目的和意義。 轉(zhuǎn)錄組主要研究的問題是基因在不...