需求 tpm、fpkm這樣的數(shù)據(jù)，計(jì)算公式里都有“基因有效長度”，有些地方直接叫基因長度。之前計(jì)算這些，都是采用最快的方式—找豆豆。今天想要把這部分逐漸加到課程里，我就必須要...
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基因長度并不是end-start -
【陳巍學(xué)基因-5】單細(xì)胞mRNA測(cè)序歡迎關(guān)注公眾號(hào)：oddxix單細(xì)胞mRNA測(cè)序一直是科學(xué)家關(guān)注的一個(gè)熱點(diǎn)。目前市場(chǎng)主要有2種建庫方法，分別是Clontech公司推出的SMART法，和EpiCentre公司推...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫原理：SMART、TargetAmp和10X genomics要實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞mRNA測(cè)序，需要解決2個(gè)難題：1. 一個(gè)人類細(xì)胞中，RNA總量大約只有10pg左右（1pg=10-12g），其中mRNA的量大約只有0.2pg。要把這么少的mR...
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你要的單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄本建庫方案：smart-seq3來了
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：amethyst 01 背景介紹 目前在NGS的科技服務(wù)市場(chǎng)上單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和三代是最火的兩個(gè)方向，也是由于工業(yè)技術(shù)升級(jí)帶來的研究的新方向和新視野（...
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Linux下gz文件解壓
gz文件是一種壓縮文件，以.gz或者.tar.gz（.tgz）為擴(kuò)展名，在Linux下常見，可以直接解壓使用這種壓縮文件。 .gz文件解壓如果是以.gz擴(kuò)展名結(jié)尾的gz文件，...
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預(yù)測(cè)差異表達(dá)基因集的轉(zhuǎn)錄調(diào)控子的工具-Lisa劉小樂老師課題組發(fā)布了一個(gè)用于預(yù)測(cè)差異表達(dá)或共表達(dá)基因集的轉(zhuǎn)錄調(diào)控子的工具Lisa文章為：《Lisa: inferring transcriptional regulator...
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seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡(jiǎn)介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
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生信地基系列--MACS3 Call peaks隨著測(cè)序技術(shù)的改進(jìn)，染色質(zhì)免疫沉淀后的高通量測(cè)序（ChIP-Seq）在研究全基因組蛋白質(zhì)-DNA相互作用方面越來越流行。為了解決缺乏強(qiáng)大的ChIP-Seq分析方法的問題，我們...
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ChIP-seq基礎(chǔ)入門理解ChIP-Seq 到了目前這個(gè)水平，我學(xué)習(xí)新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時(shí)已經(jīng)不再考慮代碼應(yīng)該如何寫的問題了。我更多要去考慮一個(gè)技術(shù)的目的和意義。 轉(zhuǎn)錄組主要研究的問題是基因在不...
