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Bowtie2 比對(duì) 參考基因集路徑FA=/refdir/database/server/reference/genome/mm10/mm10.faINDEX=/refdir...

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# ---- 路徑 ----setwd("F:/data/解靜")#---- 包 ----packages <- c("readxl", "dplyr", "tidyr", ...

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之前的callpeak按200bp read寫的，發(fā)現(xiàn)看錯(cuò)數(shù)據(jù)了。。。 從peakcall開始的腳本重新記一下 peaksingle2.sh #!/usr/bin/env b...

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分組的圖 # ==============================# 分組 metagene plot 腳本（Sham vs SNI）# ==============...

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library(tidyverse)# 1. 讀入counts_ip <- read.table("counts_ip.txt", header=FALSE, strings...

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DESeq2分析出來的結(jié)果很爛，換了limma先用IP/INPUT在做組間比較 library(tidyverse) library(limma) library(ChIP...

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一開始感覺要直接做三組平均，寫了個(gè)peakaverage.sh 暫時(shí)沒用上 #!/bin/bash# Define input and output directoriesI...

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環(huán)境還是m6a的conda activate m6acd /home/data/t210424/ac4c call了peak結(jié)果不是很理想暫時(shí)沒管 IGV圖是用bam轉(zhuǎn)bw，...

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環(huán)境還是m6a的 conda activate m6acd /home/data/t210424/ac4c rRNA測了比例竟然是0%所以沒去 還有個(gè)ac4c.sh是用fas...

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環(huán)境還是m6a的 conda activate m6acd /home/data/t210424/test QC mkdir ./QCcleanfastqc -t 8 -o ...

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直接改了/home/data/t210424/m/pcnolambda.sh的output的文件夾 peakcall0423nolambda和peakcall0427nola...

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peakcallq001 peakcall0422p005 peakcall0422q005 peakcall0423nolambda 保留nolambda參數(shù)改p值差異不大

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callpeak for i in {1..9}; do macs2 callpeak \ -t "${align_dir}/RIP_${i}.sorted.ba...

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文件夾/home/data/t210424/m 1.QC是傳統(tǒng)QC 2.trim /home/data/t210424/m/trim.sh # 定義路徑和參數(shù)raw_dir=...

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不過濾，用測序公司直接給的BAM文件callpeak #MACS2 軟件 環(huán)境還是 conda activate m6a ~/m6a ./singlepeakcall.sh ...

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整個(gè)圖> setwd("F:/XZHMU/huangyue/metagene plot")> bed_file1 <- "Sham_3_summits_UCSC_final....

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所有bug暫且不表，只記錄有用的 環(huán)境&包，因?yàn)槭切码娔X，全是新裝的if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install...

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library(ggseqlogo) SNI截motif3的4-8位E-value:7.8e-016 prob_matrix <- matrix(c( 0.000000, ...

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發(fā)現(xiàn)當(dāng)初學(xué)的DREME被淘汰了 試了用streme寫了一個(gè)，先把所有sequences.fasta移動(dòng)到/home/data/t210424/m6a/peak3 streme...

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順利運(yùn)行的peakcall3.sh #!/bin/bashinput_dir="/home/data/t210424/m6a/filtered"output_dir="/ho...