本文轉(zhuǎn)自CSDN上博主「薄荷很無(wú)奈」的文章。因?yàn)樵赗包管理這方面我有點(diǎn)強(qiáng)迫癥，所以必須找一個(gè)好地方安放我的R包。 寫(xiě)在前面Q：為什么更改R包的安裝目錄？A：通常情況下作為系統(tǒng)...
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永久更改R包的安裝目錄 #R語(yǔ)言
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擴(kuò)增子分析：16s rRNA分析snakemake流程擴(kuò)增子測(cè)序是分析環(huán)境微生物的常見(jiàn)手段，通常使用的是16s rRNA片段。16srRNA分析主要有質(zhì)控、去冗余、聚類(lèi)OTU、去嵌合體、生成OTU表和物種注釋等步驟。 出發(fā)點(diǎn) 最...
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Pandas dataframe 統(tǒng)計(jì)行列中零值的個(gè)數(shù)
1、按行統(tǒng)計(jì)，返回為一個(gè)series：(df == 0).astype(int).sum(axis=1)
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測(cè)序數(shù)據(jù)的深度、覆蓋度等計(jì)算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測(cè)序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強(qiáng)度有多大？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測(cè)序...
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16S測(cè)序分析（一）菌屬豐度表獲取導(dǎo)讀 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300測(cè)序是目前菌群結(jié)構(gòu)譜研究最為常用的測(cè)序手段。本文將以此類(lèi)測(cè)序的下機(jī)數(shù)據(jù)為例展示“如何從Miseq測(cè)序數(shù)據(jù)中快速...
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用vscode寫(xiě)python的插件推薦
vscode作為一款好用的輕量級(jí)代碼編輯器，不僅支持代碼調(diào)試，而且還有豐富的插件庫(kù)，可以說(shuō)是免費(fèi)好用，對(duì)于初學(xué)者來(lái)說(shuō)用來(lái)寫(xiě)寫(xiě)python是再合適不過(guò)了。下面就推薦幾款個(gè)人覺(jué)得...
