發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：浙江
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Two-Way ANOVA前言 Two-Way ANOVA由于有兩個(gè)自變量，在考慮兩個(gè)變量單獨(dú)對(duì)應(yīng)變量影響的同時(shí)，還需要考慮交互作用 當(dāng)ANOVA結(jié)果顯示交互作用差異顯著...
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Pheatmap轉(zhuǎn)ggplot2
問題 pheatmap出的熱圖添加腳注、拼圖等都非常麻煩 老的解決方案 由于pheatmap是基于grid畫圖的，因此可以用grid的語(yǔ)句添加注...
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使用DESeq2標(biāo)準(zhǔn)化之后的數(shù)據(jù)進(jìn)行PCA、聚類等可視化
DESeq2進(jìn)行數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化的命令有多種 counts(dds, normalized=T) rlog、VST 兩者的區(qū)別在于 前者 are “o...
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【R】批量T檢驗(yàn)
注意事項(xiàng) 本代碼適用于Student T檢驗(yàn)，別的統(tǒng)計(jì)方法需要改代碼 本代碼中默認(rèn)數(shù)據(jù)符合正態(tài)分布且方差齊，如果數(shù)據(jù)對(duì)這兩項(xiàng)敏感，則需要提前檢驗(yàn)...
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【R】不使用EXPORT包，導(dǎo)出圖片到PPT
最近EXPORT包從CRAN下架了。雖然還是可以下載到舊版本進(jìn)行本地安裝。但是在實(shí)際出圖的時(shí)候很可能報(bào)錯(cuò)： 原因是EXPORT的依賴包RVG在更...
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標(biāo)準(zhǔn)化、歸一化和數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換
高通量數(shù)據(jù)分析過程中常見的三個(gè)概念，非常容易混淆。 標(biāo)準(zhǔn)化 Data Scaling 為了使不同變量之間可以比較，例如 轉(zhuǎn)錄組中有些基因本身表達(dá)...
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【R】批量完成Oneway ANOVA，并以Mean±SD格式（帶差異標(biāo)記）導(dǎo)出到EXCEL批量完成Oneway ANOVA之前其實(shí)就寫過，但是老的代碼對(duì)剛?cè)腴TR語(yǔ)言的人可能還是不太友好，因此又修改了一版。這一版的代碼可以說即使不懂R語(yǔ)...
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用ggplot2畫Pathway氣泡圖
成品圖 橫坐標(biāo)為pathway impact 縱坐標(biāo)為pathway名稱。這里是我瞎編的 氣泡的顏色代表p值 氣泡的大小代表富集到的代謝物數(shù)量。...
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用ggplot2畫代謝集富集分析（MSEA）圖MSEA 什么是MSEA MSEA，Metabolite Set Enrichment Analysis，代謝集富集分析，是代謝組數(shù)據(jù)分析方法的...