生信技能樹2021數(shù)據(jù)挖掘線上課筆記，需要結(jié)合課程講解服用 TCGA下載數(shù)據(jù)的方法-gdc-client（軟件名）：需要寫命令運行，官方下載的數(shù)據(jù)，下載的數(shù)據(jù)是零散的，每個病...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘筆記1 -
讓TCGA表達矩陣和臨床信息方便的匹配
0.背景 關(guān)于樣本id和分組信息：TCGA的樣本id里藏著分組信息[https://mp.weixin.qq.com/s/UohDh5fHkTPlwNp43ivWHg] TC...
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R 穩(wěn)健PCA分析穩(wěn)健PCA，就是一種通過構(gòu)造穩(wěn)健的均值向量和穩(wěn)健的協(xié)方差矩陣的主成分分析方法，其目標(biāo)是從輸入矩陣中去除稀疏缺失并獲得低秩近似，可以有效消除數(shù)據(jù)集中異常值的影響和提高尋找大型數(shù)...
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R語言：多因素Cox回歸森林圖 (基于forestplot包)歡迎大家關(guān)注我的公眾號：一只勤奮的科研喵[http://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__biz=Mzg2MjU2NDQwMg==&hid=2&s...
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上大學(xué)的時候，一定要好好學(xué)習(xí)
最近很多朋友都在參加公務(wù)員，事業(yè)單位考試?？纪暝嚕蠹业母杏X都是題不難，可是就是不會，這是多么尷尬的問題。 現(xiàn)在大家長大了，回過神來，才發(fā)現(xiàn)，讀書的時候，荒廢了多少的好時光，...
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六、GEO差異基因功能注釋之KEGG和GO一、ENTREZID轉(zhuǎn)換 進行功能注釋，首先需要對差異基因deg數(shù)據(jù)集進行ENTREZID轉(zhuǎn)換 二、輸入數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 接下來拿出up基因和down基因的ENTREZID，組成di...
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只有測序和生信分析也能輕松15分+？
A MicroRNA Signature Identifies Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Patients at Risk for L...
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DESeq2中的標(biāo)準(zhǔn)化方法---vst
首先，vst也是基于負(fù)二項分布的一種標(biāo)準(zhǔn)化方法我們?yōu)槭裁丛诖髽颖緮?shù)據(jù)中需要采用vst的標(biāo)準(zhǔn)化方法呢？這是因為： 1.It is a one-size-fits-all sol...
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RNAseq高級分析有哪些學(xué)習(xí)筆記
好久沒有學(xué)習(xí)RNAseq的東西了，今天隨意翻到一篇很不錯的總結(jié)，這里了只是我的學(xué)習(xí)筆記，原文會更好一些：https://mp.weixin.qq.com/s/u_ZC7wsC...
