相關成果發(fā)表在NAR，Zijie Jiang, Zhixiang Peng, Zhaoyuan Wei, Jiahe Sun, Yongjiang Luo, Lingzi B...
發(fā)簡信
IP屬地：湖北
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AutoHIC 自動糾正HiC掛載結果
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SVIM-asm 基因組水平鑒定SVgithub：https://github.com/eldariont/svim-asm[https://github.com/eldariont/svim-asm] ref...
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compleasm 評估基因組質(zhì)量
文章由Heng Li出品，發(fā)布在Bioinformatics，‘compleasm: a faster and more accurate reimplementation ...
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PanDepth快速計算reads深度，覆蓋度
計算reads的覆蓋度經(jīng)常使用samtools，但是pandepth的速度會更加快！ PanDepth安裝非常簡單 使用方法也很容易 -g; gff作為輸入，可計算基因的深度...
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一鍵式分析miRNA-sRNAminer
標題還是起小了，sRNAminer是由華南農(nóng)業(yè)大學夏瑞團隊發(fā)表，針對于植物小RNA分析。我只關注過miRNA，因此，只針對miRNA進行了測試。該文章"sRNAminer: ...
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@請我吃辣條吧 是可以的，不管是SNP還是INDEL的，都是變異
admixture 群體結構分析
tructure是與PCA、進化樹相似的方法，就是利用分子標記的基因型信息對一組樣本進行分類，分子標記可以是SNP、indel、SSR。相比于PCA，進化樹，群體結構分析可明...
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感謝，真是拯救了我?。?
Mac上word保存后文件找不到的問題
打開Finder 輸入command＋shift＋g（三個一起按哦），打開文件夾路徑輸入框 輸入/private/var/folders/ 文件夾下面找到 T/com.mic...
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Mac上word保存后文件找不到的問題
打開Finder 輸入command＋shift＋g（三個一起按哦），打開文件夾路徑輸入框 輸入/private/var/folders/ 文件夾下面找到 T/com.mic...
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@煙柳皇都 貌似是你maker的問題，修改control file
GeneMark-ES/ET安裝與模型訓練
GeneMarkGeorgia Institute of Technology開發(fā)的一系列基因預測工具。真核生物基因組預測主要會用到GeneMark-ES/ET, 其中Gen...
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IGV-GSAman | 極大提高「功能基因組學」研究效率的基因組瀏覽器寫在前面 今天周末，轉眼10月份只剩一周。萬萬沒想到，一個月下去，我還是花了不少時間在完善「GSAman」。至于為什么本來「兩個小時」就干完的事情，可以干成「22天」？到底還...
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轉座子（TE,散在重復）特征及其對基因組影響基因組中重復序列大體分為兩類：串聯(lián)重復（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可預測）散在重復（Dispersed repeats），...
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SALSA Hi-C輔助組裝
基于HI-C，將contig掛載到scaffold水平，同時可對contig進行糾錯。 具體可見：Ghurye, J., Pop, M., Koren, S., Bickha...
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cDNA_Cupcake處理Iso-Seq該工具用于處理三代轉錄組（CCS）結果 具體請關注： https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wiki[https://github....
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khaper 去除基因組重復
該工具主要用于去除基因組重復的序列。 詳情請查看githup [https://githup.com/lardo/khaper] Note 軟件需要內(nèi)存 >100 G 該軟件...
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自己測的最好，公共的也可以
GeneMark-ES/ET安裝與模型訓練
GeneMarkGeorgia Institute of Technology開發(fā)的一系列基因預測工具。真核生物基因組預測主要會用到GeneMark-ES/ET, 其中Gen...
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cuteSV鑒定SV
一款用于鑒定三代長reads（HiFi, ONT, CLR）的軟件。經(jīng)作者檢驗，其準確度高于pbsv, svim, sniffles。 安裝 簡單使用 當然，對于不同類型的l...
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Paragraph對SV進行基因分型基于重測序數(shù)據(jù)用于對sv進行genotype. githup: https://github.com/Illumina/paragraph[https://github.co...