●英文題目《Whole-genome resequencing reveals world-wide ancestry and adaptive introgression ...
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2022-08-20 | 全基因組重測序揭示東亞馴化牛的全球祖先和適應(yīng)性滲入事件 -
全基因組重測序流程【超細(xì)致??！】
自己在研究生的第一個項目就是處理重測序數(shù)據(jù)，在做的過程中參考了很多資料，現(xiàn)在把整個重測序的上游分析流程分享給大家，一些關(guān)鍵環(huán)節(jié)已經(jīng)幫大家踩過坑了，相信跟著學(xué)習(xí)實踐一定能夠收獲...
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「博客翻譯」SNP過濾教程（一）原文地址: SNP Filtering Tutorial 感覺文章寫的真棒，于是就翻譯了一遍 目標(biāo) 學(xué)習(xí)如何使用VCFtools根據(jù)缺失信息，基因型深度(genotype d...
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關(guān)于SNP的過濾（1）：如何使用vcftools進(jìn)行SNP過濾
前言 很多關(guān)注我這個專題的朋友都在后臺留言，說想了解更多關(guān)于SNP過濾的東西。是的，確實這是一個比較重要的問題。第一，過濾到一些低質(zhì)量的SNP可以防止calling一些假陽性...
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10.16 梳理SNP calling過程
之前跟著流程過了一遍，使用： E.coli_K12_MG1655.fa 為參考基因組， SRR1770413_1.fastq.gz SRR1770419_1.fastq.gz...
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群體遺傳學(xué)一-SNP calling
使用BWA+samtools+gatk4.0進(jìn)行SNP calling 首先下載數(shù)據(jù)eg： 01.align 首先定義相關(guān)用到的變量，然后使用baw創(chuàng)建索引之后進(jìn)行map。 ...
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GATK4流程學(xué)習(xí)之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)GATK4流程學(xué)習(xí)之背景知識與前期準(zhǔn)備 - 簡書[http://www.itdecent.cn/p/97e803755fa6]GATK4流程學(xué)習(xí)之DNA-Seq varia...
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基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也稱基因遷移） 是指從一個物種的一個種群向另一個種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個非...
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群體結(jié)構(gòu)分析 | Pophelper 的“平替版”寫在前面 終于到了這一天，我又撿起了七八年做群體分析的技能....只是那會我畫圖就用 ggplot2，而現(xiàn)在我只用「TBtools」?；谥販y序數(shù)據(jù)的群體結(jié)構(gòu)分析，很多時候，...
