知識(shí)背景 廣義線性混合模型可以看做是廣義線性模型（GLM）以及線性混合模型(LMM)的擴(kuò)展，為了更好地理解GLMM，肯定要對(duì)普通線性模型、廣義線性模型以及線性混合模型有個(gè)理解...
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廣義線性混合模型（GLMM）
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系統(tǒng)發(fā)育基礎(chǔ)知識(shí)介紹
系統(tǒng)發(fā)育學(xué)概念 系統(tǒng)發(fā)生（或種系發(fā)生、系統(tǒng)發(fā)育，phylogeny）是指生物形成或進(jìn)化的歷史。系統(tǒng)發(fā)生學(xué)(phylogenetics)研究物種之間的進(jìn)化關(guān)系，其基本思想是比較...
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SAS用數(shù)組的方式查找缺失值在SAS中，數(shù)組的一般形式為： 其中： array是定義數(shù)組的標(biāo)志； 數(shù)組名的命名規(guī)則與SAS數(shù)據(jù)集名一樣； 下標(biāo)指定數(shù)組中包含的元素個(gè)數(shù)，這里的元素一般就是變量，可以使用“...
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SAS數(shù)據(jù)的對(duì)比和清洗數(shù)據(jù)的對(duì)比 SAS中對(duì)比兩個(gè)數(shù)據(jù)集的命令是proc compare，它的基本格式如下： 其中，proc compare語句是調(diào)用數(shù)據(jù)比較過程，選項(xiàng)base和compare分別...
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SAS數(shù)據(jù)的合并
數(shù)據(jù)的清洗和加工 一般包括數(shù)據(jù)合并、比較、缺失值的查詢和填補(bǔ)、查找重復(fù)值和異常值、生成數(shù)據(jù)子集、產(chǎn)生新變量等，以適應(yīng)不同的研究目的。 數(shù)據(jù)合并 1. 利用set語句進(jìn)行縱向合...
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PH525 series - Discovering Batch Effects with EDA本章節(jié)的主要內(nèi)容是如何使用探索性數(shù)據(jù)分析（EDA）檢測(cè)批次效應(yīng)，使用的示例數(shù)據(jù)依舊是基因表達(dá)數(shù)據(jù)。 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 從上圖中我們可以看到，男性女性的區(qū)別是很明顯的，所以我們可以通過...
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Microbial trend analysis介紹 2020年1月31日METHODOLOGY上線了一篇文章《Microbial trend analysis for common dynamictrend, group...
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PH525x series - Simpson’s Paradoxbatch effect（批次效應(yīng)） 在高通量研究中，常常被忽略的一個(gè)問題就是批次效應(yīng)，簡(jiǎn)單的說，批次效應(yīng)就是由實(shí)驗(yàn)條件、試劑批次和實(shí)驗(yàn)人員等等因素的不同，而造成試驗(yàn)出現(xiàn)誤差...
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PH525x series - Class Prediction本文的題目是class prediction（分類預(yù)測(cè)），其實(shí)就是機(jī)器學(xué)習(xí)，這兩個(gè)詞可以互相替代著使用。而本章呢，其實(shí)就是對(duì)機(jī)器學(xué)習(xí)進(jìn)行一個(gè)簡(jiǎn)單的介紹，如果你想深入學(xué)習(xí)，作者...