本篇簡單介紹3D基因組在近期主流的兩個(gè)獲得數(shù)據(jù)的手段:Hi-C及ATAC-seq。 首先需要理清幾個(gè)概念: 1. 染色體疆域(Territory):指每條染色體都占據(jù)著一個(gè)獨(dú)...
本篇簡單介紹3D基因組在近期主流的兩個(gè)獲得數(shù)據(jù)的手段:Hi-C及ATAC-seq。 首先需要理清幾個(gè)概念: 1. 染色體疆域(Territory):指每條染色體都占據(jù)著一個(gè)獨(dú)...
位置花斑效應(yīng)PEV 某些細(xì)胞由于染色體倒位或轉(zhuǎn)座,導(dǎo)致有些基因移至異染色質(zhì)附近,導(dǎo)致基因沉默 eg.果蠅存在紅白相間的復(fù)眼;源于同一代酵母傳代后會(huì)有紅白相間的菌落 機(jī)制 >w...
寫在前面最近踩了一個(gè)啟動(dòng)子的大坑,一氣之下就把常規(guī)的所有啟動(dòng)子都做了個(gè)總結(jié),希望自己往后不會(huì)犯這種錯(cuò)誤,并且對其他同學(xué)也有個(gè)提示和科普作用。另外的這次經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn)也讓我學(xué)到,盲目...
空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在復(fù)雜的生理、病理?xiàng)l件(直接切片還是有設(shè)計(jì)地切片?)下研究不同位置區(qū)域細(xì)胞的異質(zhì)性,特別是針對腫瘤和干細(xì)胞生物學(xué),發(fā)掘具有獨(dú)特分子特征的細(xì)胞群落,研究其對信號...
這篇文獻(xiàn)是今年12月份發(fā)的,也就是一個(gè)星期前,是劉小樂教授推薦閱讀的 推特地址: 本篇文章講解了單細(xì)胞RNA-seq的一般分析流程,當(dāng)然文中還推薦了分析的課程:單細(xì)胞課程[h...
《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》[https://www.nature.com/articles/...
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我所理解的cellranger軟件理想原始輸入數(shù)據(jù)就是SRA格式,然后利用sra-tools分為read、barcode+UMI、index三個(gè)fastq.gz文件。最后直接...
CHIRP(ChromatinIsolation by RNAPurification)是一種檢測與RNA綁定的DNA和蛋白相互作用的方法,可同時(shí)分析lncRNA/circR...