1 什么是motif分析 在DNA或蛋白的同源序列中，不同位點(diǎn)的保守程度是不一樣的，一般來說，對DNA或蛋白質(zhì)功能和結(jié)構(gòu)影響比較大的位點(diǎn)會(huì)比較保守，其它位點(diǎn)則不是很保守。這些...
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motif分析-MEME
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最全Bedtools使用說明--只看本文就夠了1 Bedtools:一個(gè)強(qiáng)大的基因組算法工具集 Bedtools是由猶他大學(xué)昆蘭實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的基因組算法工具集，它堪稱是基因組分析工具中的瑞士軍刀。Bedtools可以對基因...
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讀莫言的《晚熟的人》今天看了莫言《晚熟的人》 作家莫言在《晚熟的人》一書中，曾說過這樣一段話：本性善良的人都晚熟，他們不是想成熟，而是被惡人催熟的，后面雖然開竅了，但仍然保持一片赤誠。他們不斷地...
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awk從放棄到入門（1）：awk基礎(chǔ) （通俗易懂，快進(jìn)來看）
我們先來用專業(yè)的術(shù)語描述一下awk是什么，如果你看不懂，沒關(guān)系，我們會(huì)再用"大白話"解釋一遍。 awk是一個(gè)報(bào)告生成器，它擁有強(qiáng)大的文本格式化的能力，這就是專業(yè)的說法。 你可...
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LAI: 評估基因組質(zhì)量一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)
基因組組裝完成之后，就需要對最后的質(zhì)量進(jìn)行評估。我們希望得到的contig文件中，每個(gè)contig都能足夠的長，能夠有一個(gè)完整的基因結(jié)構(gòu)，歸納一下就是3C原則: 連續(xù)性(Co...
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GC shew 和 GC bias 2020-05-07
GC bias describes the relationship between GC content and read coverage across a genome...
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入門必看 | 深度解析長末端重復(fù)反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子（LTR-RTs）提起 LTR，相信很多人和我之前一樣都是熟悉又陌生的感覺，聽過或者接觸過卻未深入了解過。若您對 LTR 分析有興趣，卻苦于無從下手時(shí)，愿本文作為一個(gè)叩門磚，為您敲開 LTR ...
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重復(fù)區(qū)域注釋1.UCSC上重復(fù)區(qū)域文件rmsk.txt.gz 將rmsk文件根據(jù)重復(fù)序列分類需求轉(zhuǎn)換為bed文件：grep LINE rmsk.txt | awk -F"\t" '{pr...
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這或許是我寫的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
