發(fā)簡信
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R進(jìn)階使用技巧Introduction 分享一些R進(jìn)階使用的技巧，相當(dāng)于是之前寫的R語言學(xué)習(xí)[../r-learning]的實(shí)踐和總結(jié)了。 Online sl...
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R調(diào)用Taxonkit展示系統(tǒng)發(fā)育信息Introduction TaxonKit[https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/chinese/]是一個用于處...
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宏基因組分箱（binning）｜2. MetaWRAP實(shí)戰(zhàn)深入binningIntroduction 上一篇里通過Metabat2了解了宏基因組分箱的關(guān)鍵步驟，這篇文章將介紹一個更全面的binning流程：MetaWRA...
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宏基因組分箱（binning）｜1.Metabat實(shí)戰(zhàn)了解binningIntroduction 宏基因組學(xué)是直接從環(huán)境樣本（如土壤、水、腸道內(nèi)容物等）中回收遺傳物質(zhì)并進(jìn)行研究的學(xué)科，無需對個體生物進(jìn)行分離或培養(yǎng)。這...
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R繪制優(yōu)美的進(jìn)化樹（進(jìn)階）上次已經(jīng)介紹過了使用R繪制系統(tǒng)發(fā)育樹的基本用法[http://www.itdecent.cn/p/b6c4d3376bc9]，也埋下一個小坑：...
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Slurm集群使用基礎(chǔ)Introduction 我們在做生物信息分析時，對于大規(guī)模的上游數(shù)據(jù)的處理，一般需要在大型服務(wù)器或集群上進(jìn)行。我最早接觸并使用的是一個基于SL...
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宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新Logs 增加R包pctax內(nèi)的一些幫助上游分析的小腳本（2024.03.03） 增加Mmseqs2用于去冗余，基因聚類的速度非常快，且隨序列量...
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使用FastANI與Skani計(jì)算平均核苷酸一致性(ANI)Introduction ANI 是指平均核苷酸一致性（Average Nucleotide Identity），它是一種用來比較兩種基因組之間...
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GTDB基因組分類數(shù)據(jù)庫及GTDB-Tk工具Introduction GTDB（Genome Taxonomy Database）是一個專注于基因組分類學(xué)的數(shù)據(jù)庫，旨在提供高質(zhì)量的細(xì)菌、古...