全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-wide association study，GWAS）是應(yīng)用基因組中數(shù)以百萬(wàn)級(jí)別的單核苷酸多樣性（Single Nucleotide Plo...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)protocol -
植物啟動(dòng)子-順式作用元件-批量提取-預(yù)測(cè)-可視化分析寫在前面 以前總看到問(wèn)題是，基因結(jié)構(gòu)可視化的問(wèn)題；現(xiàn)在則變成了啟動(dòng)子元件的預(yù)測(cè)或者說(shuō)可視化。這本身比較簡(jiǎn)單，也比較玄乎，所以我一直不是太樂(lè)意與別人討論。但學(xué)院今天斷網(wǎng)，手上的...
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TBtools | 批量計(jì)算蛋白分子量、等電點(diǎn)、不穩(wěn)定系數(shù)、脂溶指數(shù)和親水指數(shù)寫在前面 最近了解了一些與蛋白質(zhì)分析相關(guān)的文稿，有TBtools老鐵用戶提供了不少參考資料和分析建議。早晨，他突然提起了，一些蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析相關(guān)指標(biāo)的計(jì)算，鼓搗起來(lái)還是麻...
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TMHMM 2.0--蛋白質(zhì)的跨膜結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)如何預(yù)測(cè)一個(gè)蛋白是否具有跨膜螺旋（TMH）？ 蛋白結(jié)構(gòu)決定蛋白功能，利用生物學(xué)在線軟件工具TMHMM Server,v.2.0版本是蛋白質(zhì)跨膜螺旋的在線分析工具。TMHMM是...
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幾個(gè)預(yù)測(cè)蛋白結(jié)構(gòu)、理化性質(zhì)的在線工具
1.預(yù)測(cè)理化性質(zhì)：分子量(Da)、等電點(diǎn)(PI)\不穩(wěn)定系數(shù)(Instability index)、親水指數(shù)(Grand average of hydropathicity-...
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CFVisual繪制Motif+基因結(jié)構(gòu)+結(jié)構(gòu)域+進(jìn)化樹(shù)+啟動(dòng)子圖的單獨(dú)或組合圖1. 軟件簡(jiǎn)介 CFVisual_V2.1軟件是一款借助Python語(yǔ)言的matplotlib庫(kù)和PySide2庫(kù)進(jìn)行生物序列結(jié)構(gòu)繪圖的數(shù)據(jù)可視化軟件，主要用于生物信...
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進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建背景資料一、背景資料 進(jìn)化樹(shù)（evolutionary tree）又名系統(tǒng)樹(shù)（phylogenetie tree）進(jìn)化樹(shù)，用來(lái)表示物種間親緣關(guān)系遠(yuǎn)近的樹(shù)狀結(jié)構(gòu)圖。在進(jìn)化樹(shù)中，各個(gè)分類...
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分子進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建及數(shù)據(jù)分析方法介紹轉(zhuǎn)自：https://www.plob.org/article/994.html 方法的選擇 首先是方法的選擇。 基于距離的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolu...
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構(gòu)建發(fā)育樹(shù) Bootstrap值
即自展值，可用來(lái)檢驗(yàn)所計(jì)算的進(jìn)化樹(shù)分支可信度。Bootstrap幾乎是構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)一個(gè)必須的選項(xiàng)。一般Bootstrap的值>70%，則認(rèn)為構(gòu)建的進(jìn)化樹(shù)較為可靠。如果Boo...
