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系統(tǒng)發(fā)育常見軟件與在線工具合集
本篇文章是為了記錄本人在系統(tǒng)發(fā)育實驗和數(shù)據(jù)分析過程中，所使用過的以及部分未使用但如雷貫耳的軟件的集合。當然，相對于整個系統(tǒng)發(fā)育軟件之汪洋大海，此處不過一滴水！ 1. 數(shù)據(jù)獲取...
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運行STAR時遇到的錯誤
在開始對比時，使用如下參數(shù) 出現(xiàn)如下錯誤BAMoutput.cpp:27:BAMoutput: exiting because of OUTPUT FILE error: c...
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群體進化選擇消除分析要做選擇性消除分析，首先就要把如下的理論記住熟記于心。 中性進化假說： 分子水平上，生物的演化或物種的進化并不是自然選擇引起的，而是由中性/近中性的突變等位基因經(jīng)過遺傳漂變引...
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KNN算法-5-KNN算法總結
KNN的優(yōu)點 1、KNN算法是一個非常簡單的算法，理論成熟，思想簡單，既可以用來做分類也可以用來做回歸 2、天然解決多分類問題，也可用于回歸問題 3、和樸素貝葉斯之類的算法比...
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讀文章重復結果：使用DnaSp軟件計算核苷酸多態(tài)性Pi(nucleotide diversity)
葉綠體基因組的文章中通常會有一小部分內(nèi)容是運用DnaSp軟件來進行核苷酸多態(tài)性π分析，斷斷續(xù)續(xù)看了也好長時間了，今天終于重復出了結果，簡單記錄自己的重復過程： 論文：comp...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用極大似然法構建進化樹
寫在前面 我知道IQ-tree已經(jīng)有很長一段時間了。不過我一直并沒有使用它。主要原因是，常用的快速構建ML樹的軟件是FastTree，如果要求準確，我會在服務器上使用RaxM...
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兩列數(shù)據(jù)如何玩出新花樣？在日常數(shù)據(jù)分析過程中，我們經(jīng)常碰到如下所示數(shù)據(jù)：第一列為名稱，第二列為數(shù)值。 NameValueA56B58C26D34E76F98 如上兩列數(shù)據(jù)可以作哪些可視化圖表呢？ 一...
