最近工作很忙，忙的喘不上氣的感覺(jué)，對(duì)人生又多了很多感慨，不管未來(lái)怎樣，還是要堅(jiān)定的走下去。 從一個(gè)做DM的朋友哪里了解到sas程序員這個(gè)工作，開(kāi)始也沒(méi)有太在意,直到兩年后，和...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：吉林
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SAS程序員——CRO職場(chǎng)小白日記 I
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不怎么登了，綠泡泡宮中號(hào)：1:SASpro的打工人生活 2：林芷文的日常碎碎念
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半路出家自學(xué)的生信,研一做過(guò)一年實(shí)驗(yàn),然后主要做數(shù)據(jù)分析。目前研究方向?yàn)楸碛^遺傳修飾。主要工作為分析轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)及相關(guān)二代高通量測(cè)序數(shù)據(jù)。學(xué)習(xí)新的東西是艱難的,但感覺(jué)是快樂(lè)的,加油,生信人!
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科服：生信、AI、育種。全網(wǎng)同號(hào)
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香港大學(xué)博士，手握保溫杯但不資深的科研狗，開(kāi)發(fā)18個(gè)R包，運(yùn)營(yíng)生信公眾號(hào)biobabble。
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@LRivers 用法是 python get_ASprofile_ref_hdrs.py path/species.genome.fa species，如果是人類可以輸入 python get_ASprofile_ref_hdrs.py Homo_sapiens.GRCh38.99.dna.primary_assembly.fa Homo_Sapiens
哪里可以獲得.hdrs文件？
extract-as 簡(jiǎn)介 該腳本需要兩個(gè)參數(shù)： 轉(zhuǎn)錄本對(duì)應(yīng)的 gtf 文件 基因組長(zhǎng)度統(tǒng)計(jì)文件，后綴為 .hdrs，內(nèi)容如下：>chr1 /len=249250621 /n...
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2021-10-25
報(bào)錯(cuò) 解決辦法 如果需要導(dǎo)入的文件較少，可以手動(dòng)轉(zhuǎn)換成 .csv 或 .txt 格式，再用相應(yīng)的函數(shù)導(dǎo)入； 可以試試 read. table() 后記 雖然問(wèn)題解決了，但是始...
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2021-09-29gffcompare 這個(gè)報(bào)錯(cuò)真讓我 yue 了！ 報(bào)錯(cuò) 不對(duì)，怎么報(bào)錯(cuò)了？我前面也用了這個(gè)命令，能成功運(yùn)行啊？ 經(jīng)過(guò) 那有錯(cuò)也還得解決啊，還能咋辦？ 把“老三套”獨(dú)立解決報(bào)...
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RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體，又如R包c(diǎn)hromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在線工具Idiographica，雖然能繪制直的...
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RSeQC判斷鏈特異性（strand-specific）對(duì)于strand-specific的RNA-seq而言，我們必須得知道它是哪一種建庫(kù)方式，才能進(jìn)行后續(xù)的定量分析。 stringtie: kallisto: 現(xiàn)在比較常用的方...
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RNA-seq數(shù)據(jù)分析---方法學(xué)文章的實(shí)戰(zhàn)練習(xí)前言 這次給大家?guī)?lái)的是16年發(fā)表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇處理RNA-seq數(shù)據(jù)的文章：Transcript-level expression analy...
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2021-07-19報(bào)錯(cuò)內(nèi)容 報(bào)錯(cuò)原因 內(nèi)存不夠，清點(diǎn)內(nèi)存就行了。 親測(cè)成功！ 寫(xiě)在后面 這個(gè)報(bào)錯(cuò)信息顯示了四句話，檢索一句兩句，會(huì)檢索出很多內(nèi)容，有以下幾個(gè)方面： 單端數(shù)據(jù)用成了雙端的代碼，或...
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【Git】Learn Git Branching 總結(jié)
Learn Git Branching 總結(jié) 鏈接：https://learngitbranching.js.org 主要 基礎(chǔ)篇 1.Git Commit 2.Git Br...
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2021-06-25
注意 python 中，一個(gè)需要特別注意的點(diǎn)。 gzip.open() 默認(rèn)的 mode 參數(shù)是 rb，即使設(shè)置 r，無(wú)論是否有額外的 b ，都會(huì)以 rb 的模式讀入。如果需...
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2021-06-24報(bào)錯(cuò) 解決辦法 對(duì)于內(nèi)存問(wèn)題（如果你有一些很長(zhǎng)的 reads，nanopore 肯定會(huì)觸發(fā)這些問(wèn)題），那么你可以嘗試添加 -t 2 （甚至大于 2）來(lái)強(qiáng)制 fastqc 擁有...
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哪里可以獲得.hdrs文件？
extract-as 簡(jiǎn)介 該腳本需要兩個(gè)參數(shù)： 轉(zhuǎn)錄本對(duì)應(yīng)的 gtf 文件 基因組長(zhǎng)度統(tǒng)計(jì)文件，后綴為 .hdrs，內(nèi)容如下：>chr1 /len=249250621 /n...
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2021-05-12
今天在使用 conda activate 環(huán)境的時(shí)候，出現(xiàn)了如下報(bào)錯(cuò)： 在 github 上有個(gè)同樣的問(wèn)題，鏈接為：https://github.com/conda/cond...
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2021-04-25
今天在運(yùn)行 bwa mem 命令時(shí)，出現(xiàn)如下錯(cuò)誤提示： 報(bào)錯(cuò)是因?yàn)?ref.fa 文件里存在著空格、空行，一般是出現(xiàn)在> 行。 這其實(shí)是一個(gè)很小的問(wèn)題，但是很容易忽略，特別是...
