16SrRNA 基因通常作為分子標(biāo)記進(jìn)行微生物群落結(jié)構(gòu)的研究，但是它有一些明顯的限制，比如16S rRNA基因在物種中會(huì)有多個(gè)拷貝，而且，由于16S rRNA基因的進(jìn)化速率較...
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Fungene分析流程比較以nifH為例 -
常用生物信息學(xué)分析在線網(wǎng)址生物信息學(xué)分析和作圖是科研狗們的必備技能。近幾年，隨著數(shù)據(jù)類型的增多，excel、SPSS等常用軟件已經(jīng)不能滿足科研需求了。R語言以其方便、快捷的優(yōu)勢(shì)，迅速獲得許多編程技術(shù)不...
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OrthoFinder2—同源蛋白家族聚類尋找同源蛋白家族用的比較多的是Orthomcl，但是該軟件多年前已經(jīng)停止更新，且使用的時(shí)候需要安裝和使用MySQL，操作起來比較繁瑣。因此OrthoFinder應(yīng)運(yùn)而...
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生物信息中的Python 01 | 從零開始處理基因序列
一、 序列數(shù)據(jù)的下載 在開始了解序列的處理流程時(shí)，我們先要知道序列下載網(wǎng)址。其中一個(gè)知名的網(wǎng)站就是NCBI （National Center for Biotechnolog...
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R-ggplot2-說說繪圖中顏色的這點(diǎn)事-應(yīng)該是比較全的總結(jié)篇0. 問題導(dǎo)入 之前繪圖的時(shí)候，我經(jīng)常會(huì)去RGB顏色對(duì)照表[https://tool.oschina.net/commons?type=3]上手動(dòng)去摘選顏色碼，然后手動(dòng)粘到g...
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相關(guān)性分析及可視化R筆記近日，因宿舍小趙同學(xué)看文章，看到一張關(guān)于相關(guān)性分析結(jié)果可視化的圖表，并對(duì)其表達(dá)含義表示了百思不得其解，于是在我們的男神428宿舍引發(fā)了一波生信小熱潮。可能對(duì)于大佬們來說這是很...
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R數(shù)據(jù)可視化11:相關(guān)性圖之前我們用熱圖的形式展現(xiàn)了相關(guān)關(guān)系，今天我們來用另外幾種形式來展現(xiàn)相關(guān)關(guān)系的圖。本文代碼來源：Visualize correlation matrix using corre...
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公眾號(hào)：“生信補(bǔ)給站”<br>生物信息學(xué) R語言 Python語言
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生信，統(tǒng)計(jì)，人工智能<br><br>EasyGene<br><br>歡迎關(guān)注！
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R：堆疊圖、沖積圖、分組分面、面積圖導(dǎo)讀 宏基因組分析分為物種分析和功能分析兩大塊。物種組成分析是物種分析中最基本最常見的分析方法。利用R語言堆疊圖，我們可以將一個(gè)項(xiàng)目中所有樣品的物種組成展示出來。下面介紹如何...
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北京基因組所研究生在讀，實(shí)驗(yàn)&生信小蝸牛一只。歡迎一起討論呀~ <br>liulinli17m@big.ac.cn
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16S測(cè)序分析（二）菌群多樣性分析導(dǎo)讀 多樣性分析是16S測(cè)序分析中常見的分析方法。本文旨在向初學(xué)者介紹多樣性分析中alpha多樣性和beta多樣性的由來、概念、計(jì)算，以及展示“如何用R語言實(shí)現(xiàn)alpha多樣...
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微信小程序“了塵蘭若的小坑”，公眾號(hào)“生信之巔”都可以找到我。
