功能 使用BWA + GATK進(jìn)行變異檢測的最佳實(shí)踐流程，且優(yōu)化為按染色體切分，并行進(jìn)行變異檢測和BQSR步驟，加快分析進(jìn)度。 流程圖 input.json interval...
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【W(wǎng)DL】7. 實(shí)踐：GATK calling變異（人類） -
如何最簡單、通俗地理解Python的模塊？說簡單點(diǎn)，Python模塊就是帶.py后綴的可執(zhí)行文件，用來重復(fù)調(diào)用變量和函數(shù)。 比方說，你在數(shù)據(jù)分析過程中反復(fù)需要讀取CSV文件，除了使用pandas等現(xiàn)成的庫方法外，還可...
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基礎(chǔ)——illumina測序原理與細(xì)節(jié)（以RNA-seq為例）目前我們主要分析的數(shù)據(jù)還是二代測序的數(shù)據(jù)，也就是大家經(jīng)常掛在嘴邊的 NGS，而這其中最大的贏家應(yīng)該算是 illumina 測序公司了，其經(jīng)典的邊合成邊測序（sequencin...
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隨筆 |「TBtools」或如一趟「地鐵」
17日，忙完了七天生信討論會(huì)，18日，我即坐上來貴陽的高鐵。休假在家兩天，更是覺得不能離開。陳及時(shí)已經(jīng)長大也知道事情了，若是再離開一次，我想我還是會(huì)后悔。 回到主題，高鐵一路...
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史上最全 ChIP-seq 差異分析 Benchmark懶人只看這個(gè)圖就好了。 benchmark 過程真的很精彩，建議通讀一遍原文，附件更是有驚喜。 b： 第一行：Peak 分布的形狀第二行：差異情況，是上升降低五五開，還是一面...
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Kraken的原理淺析Kraken和Kraken2（Kraken的迭代版本）是微生物組分析中最常用的軟件，與其他同功能的軟件相比，在速度快的前提下，準(zhǔn)確性也很高。那么，Kraken究竟是如何做到的...
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jellyfish:快速計(jì)算kmer分布
歡迎關(guān)注"生信修煉手冊"！ jellyfish可以統(tǒng)計(jì)DNA序列中Kmer的分布，它運(yùn)行速度快，內(nèi)存消耗低，支持并行，是最常用的kmer統(tǒng)計(jì)軟件之一。 官網(wǎng)如下： http:...
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Nanopore數(shù)據(jù)分析軟件tomoboNanopore數(shù)據(jù)分析軟件tomobo Tombo is a suite of tools primarily for the identification of modi...
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群落多樣性之Beta多樣性（一）0 導(dǎo)語 再過不到一個(gè)月，就要高考了?？荚嚬倘恢匾?，它檢驗(yàn)的是努力，決定了起點(diǎn)的高度；報(bào)考更重要，它是方向，讓考生從無限可能步入可能中的一種，決定了考生的未來。是啊，任你分?jǐn)?shù)...
