二.變異結(jié)果注釋與統(tǒng)計 書接上回http://www.itdecent.cn/p/ab6a35502786[http://www.itdecent.cn/p/ab6a35...
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二代群體遺傳與重測序（中） -
Cytoscape繪制相關(guān)網(wǎng)絡(luò)圖導(dǎo)讀 用R軟件corr.test函數(shù)進行兩組數(shù)組的相關(guān)性分析，用Cytoscape繪制相關(guān)網(wǎng)絡(luò)圖。 一、輸入數(shù)據(jù) 代謝數(shù)據(jù)：metabo.txt 16S數(shù)據(jù)：genus.tx...
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annovar注釋除人類以外SNP
快速注釋已經(jīng)得到的vcf文件 所需文件 ref.fa gff3文件或者gtf vcf文件 簡單流程 1.建立一文件夾 2. gff3文件轉(zhuǎn)變格式 gff3ToGenePred...
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理解OPLS-DA分析的原理和結(jié)果圖OPLS-DA：正交篇最小二乘法判別分析 原理： OPLS-DA不同于PCA，它是一種有監(jiān)督的判別分析統(tǒng)計方法。運用偏最小二乘回歸建立代謝物表達量與樣本類別之間的關(guān)系模型，來...
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GATK流程生成多態(tài)性的 SNP/InDel
目的：提取群體中多態(tài)性較好的SNP和InDel。將GVCF文件進行合并，并提取SNP和InDel，然后使用vcftools獲得在群體中多態(tài)性較好的SNP和InDel。 第一步...
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R語言ggplot2畫氣泡圖展示富集分析的結(jié)果之前的推文介紹了畫柱形圖展示富集分析的結(jié)果，今天的推文介紹一下畫氣泡圖展示富集分析結(jié)果的代碼。氣泡圖就是散點圖的一個變種。多了一個變量映射給點的大小，富集分析里通常是用來映射...
