在上一篇筆記里，練習了使用cellranger aggr整合不同GEM well的樣品（cellranger使用的初步探索（3）cellranger aggr），得到的"ou...
IP屬地：江蘇
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cellranger使用的初步探索（4）：R讀取cellranger的輸出文件 -
scRNAseq雙細胞去除-1: DoubletFinder10x平臺的雙細胞率（符合泊松分布1）： 根據Poisson分布，單個液滴包含超過一個細胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上機細胞的濃度而改變。通常如果上...
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單細胞轉錄組建庫原理：SMART、TargetAmp和10X genomics要實現(xiàn)單細胞mRNA測序，需要解決2個難題：1. 一個人類細胞中，RNA總量大約只有10pg左右（1pg=10-12g），其中mRNA的量大約只有0.2pg。要把這么少的mR...
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隨機森林的樹是否越多越好？
面試時被問到在隨機森林的樹是否數(shù)量越多越好？開始只考慮構建更多的樹一來浪費資源，二來數(shù)量一定后模型的性能基本保持穩(wěn)定，隨著樹的增加提升非常小?；貋砗笥窒肓讼?，隨機森林中通過引...
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隨機森林中oob以及oob的作用？
在隨機森林bagging法中可以發(fā)現(xiàn)booststrap每次約有1/3的樣本不會出現(xiàn)在bootstrap所采集的樣本集合中，故沒有參加決策樹的建立，這些數(shù)據稱為袋外數(shù)據oob...
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跟著Nature Communication學數(shù)據分析：R語言利用宏基因組的相對豐度數(shù)據做主坐標分析（PcoA)）論文 Microbiomes in the Challenger Deep slope and bottom-axis sediments https://www.natur...
