基因組組裝之前，有一些問題還是需要注意的， genome size是多少？ 評估得到的genome heterozygosity是多少？ 重復(fù)序列的占比是多少？ 可以系統(tǒng)性地...
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「干活」基因組組裝之前要做的：Genome Survey -
基因組De novo組裝和 ALLPATHS-LG使用理論部分 該部分參考及引用陳連福的生信講義，zhaofei的https://vip.biotrainee.com/d/103--。 由于儀器測序讀長的限制等，在建庫時會將DN...
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寫一封信 | 給踏入大學(xué)的小朋友
展信安，萬萬沒想到，我還是選擇帶一個本科生班級（都柏林學(xué)院22園藝1班）。知道我的，或許都清楚，其實(shí)我并不喜歡別人喊我「老師」云云。與我而言，叫一聲「老師」和一聲「師兄」，是...
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【如何使用Jellyfish進(jìn)行Kmer頻數(shù)統(tǒng)計(jì)分析？】2022年版本
軟件概述 將基因組等序列文件，按長度為K的字符串進(jìn)行切割、歸類以及頻數(shù)統(tǒng)計(jì)。 軟件安裝 軟件版本：2.3.0 軟件使用 可以直接查看幫助文檔：man jellyfish 接下...
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探針尋找之旅（9）——BWA-aln比對短序列探針到基因組
BWA-aln簡介 BWA（Burrow-Wheeler Aligner），是一款將DNA序列mapping到參考基因組上的軟件，能夠?qū)⒉町惗容^小的序列比對到一個較大的參考基...
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探針尋找之旅（8）——RIdeogram繪制染色體探針分布圖
安裝 linux服務(wù)器都裝不上，凈是問題，在自己win10的電腦上裝的很是順利！> BiocManager::install("RIdeogram") 準(zhǔn)備輸入文件 kary...
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如何對基因組序列進(jìn)行注釋基因組組裝完成后，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個問題，需要對基因組序列進(jìn)行注釋。注釋之前首先得構(gòu)建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de novo prediction...
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隨筆 | 為什么不要在課堂上睡覺
這個學(xué)期，我開了一門研究生課《園藝植物生物信息學(xué)實(shí)踐》。我沒有對外宣傳，主要是課程第一次開，從課程設(shè)計(jì)到課程內(nèi)容，全是“原創(chuàng)”。質(zhì)量無法完全保證，所以暫時不想讓太多人過來。但...
